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Text File  |  1995-03-04  |  2.2 KB  |  42 lines
  1. *********************************************************************
  2. * Riboflavin synthase alpha chain family Lum-binding site signature *
  3. *********************************************************************
  4.  
  5. The following bacterial proteins have been shown [1,2]  to be structurally and
  6. evolutionary related:
  7.  
  8.  - Riboflavin synthase  alpha  chain (EC 2.5.1.9)  (RS-alpha)  (gene  riBC  in
  9.    Escherichia coli and ribB in  Bacillus subtilis).  This enzyme  synthesizes
  10.    riboflavin from two moles of 6,7-dimethyl-8-(1'-D-ribityl)lumazine (Lum), a
  11.    pteridine-derivative.
  12.  - Photobacterium phosphoreum lumazine  protein (LumP) (gene luxL).  LumP is a
  13.    protein that modulates  the  color of  the bioluminescence  emission of the
  14.    bacterial luciferase. In the presence of LumP, light emission is shifted to
  15.    higher energy  values (shorter wavelength). LumP  binds  non-covalently  to
  16.    6,7-dimethyl-8-(1'-D-ribityl)lumazine.
  17.  - Vibrio fischeri  yellow fluorescent protein (YFP) (gene luxY).  Like  LumP,
  18.    YFP modulates light emission, but  in the direction of a longer wavelength.
  19.    YFP binds non-covalently to FMN.
  20.  
  21. These proteins seem to  have evolved from the duplication of a domain of about
  22. 100 residues.  This  domain  contains,  in  its C-terminal section a conserved
  23. motif [KR]-V-N-[LI]-E which has been  proposed to be the binding site for Lum.
  24. RS-alpha which  binds  two  molecules  of  Lum  has two perfect copies of this
  25. motif, while LumP which binds to one molecule of Lum has a Glu instead of Lys/
  26. Arg in  the  first  position  of the second copy of the motif. Similarily, YFP
  27. which binds  to  one  molecule  of  FMN,  also  seems  to  have  a potentially
  28. dysfunctional binding  site  by  substitution  of  Gly for the Glu in the last
  29. position of the first copy of the motif.
  30.  
  31. Our signature pattern includes the Lum-binding motif.
  32.  
  33. -Consensus pattern: [LIVMF]-x(5)-G-[ASDNQ]-[KREW]-V-N-[LIVM]-E
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: rat cysteine dioxygenase.
  36. -Last update: October 1993 / Pattern and text revised.
  37.  
  38. [ 1] O'Kane D.J., Woodward B., Lee J., Prasher D.C.
  39.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88:1100-1104(1991).
  40. [ 2] O'Kane D.J., Prasher D.C.
  41.      Mol. Microbiol. 6:443-449(1992).
  42.