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Text File  |  1995-03-04  |  1.9 KB  |  39 lines
  1. **********************************************************
  2. * Bacterial type II secretion system protein E signature *
  3. **********************************************************
  4.  
  5. A number  of  bacterial  proteins,  some  of  which  are involved in a general
  6. secretion pathway  (GSP) for the export  of  proteins (also called the type II
  7. pathway) [1,2],  have  been  found to be evolutionary related.  These proteins
  8. are listed below:
  9.  
  10.  - The  'E'  protein from the GSP operon of: Aeromonas hydrophila (gene exeE);
  11.    Erwinia chrysanthemi  and  carotovora  (gene  outE);  Klebsiella pneumoniae
  12.    (gene pulE); Pseudomonas aeruginosa (gene xcpR); Vibrio cholera (gene epsE)
  13.    and Xanthomonas campestris (gene xpsE).
  14.  - Agrobacterium tumefaciens Ti plasmid virB operon protein 11.  This  protein
  15.    is required for the transfer of T-DNA to plants.
  16.  - Bacillus subtilis comG operon protein 1 which is required for the uptake of
  17.    DNA by competent Bacillus subtilis cells.
  18.  - Pseudomonas aeruginosa protein pilB,  which  is essential for the formation
  19.    of the pili.
  20.  - Pseudomonas aeruginosa protein twitching mobility protein pilT.
  21.  - Neisseria gonorrhoeae type IV pilus assembly protein pilF.
  22.  - Vibrio cholerae tcp pilus secretion protein tcpF.
  23.  - Escherichia coli protein hopB.
  24.  
  25. These proteins have from 344 (pilT and virB11) to 566 (pilB) amino acids, they
  26. are probably  cytoplasmically located and, on  the  basis of the presence of a
  27. conserved P-loop region, probably bind ATP. As a signature pattern we selected
  28. a region that overlaps the 'B' motif of ATP-binding proteins.
  29.  
  30. -Consensus pattern: [LIVM]-R-x(2)-P-D-x-[LIVM](3)-G-E-[LIVM]-R-D
  31. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  33. -Last update: June 1994 / Text revised.
  34.  
  35. [ 1] Salmond G.P.C., Reeves P.J.
  36.      Trends Biochem. Sci. 18:7-12(1993).
  37. [ 3] Hobbs M., Mattick J.S.
  38.      Mol. Microbiol. 10:233-243(1993).
  39.