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Text File  |  1995-03-04  |  3.3 KB  |  71 lines
  1. ******************************************
  2. * Glycosyl hydrolases family 5 signature *
  3. ******************************************
  4.  
  5. The microbial degradation  of cellulose and  xylans requires  several types of
  6. enzymes such as endoglucanases (EC 3.2.1.4),  cellobiohydrolases (EC 3.2.1.91)
  7. (exoglucanases), or xylanases (EC 3.2.1.8) [1,2].  Fungi and bacteria produces
  8. a spectrum of cellulolytic  enzymes (cellulases)  and  xylanases which, on the
  9. basis of sequence similarities,  can be classified into families. One of these
  10. families is known as the cellulase family A [3] or as  the glycosyl hydrolases
  11. family 5 [4].  The enzymes  which are currently known to belong to this family
  12. are listed below.
  13.  
  14.  - Endoglucanases from various species and strains of Bacillus.
  15.  - Butyrivibrio fibrisolvens endoglucanases 1 (end1) and A (celA).
  16.  - Caldocellum saccharolyticum bifunctional endoglucanase/exoglucanase (celB).
  17.    This protein consists of two  domains; it  is  the C-terminal domain, which
  18.    has endoglucanase activity, which belongs to this family.
  19.  - Clostridium acetobutylicum endoglucanase (eglA).
  20.  - Clostridium cellulolyticum endoglucanases A (celccA) and D (celccD).
  21.  - Clostridium cellulovorans endoglucanase B (engB) and D (engD).
  22.  - Clostridium thermocellum endoglucanases B (celB),   C (celC),  E (celE),  G
  23.    (celG) and H (celH).
  24.  - Erwinia chrysanthemi endoglucanase Z (celZ).
  25.  - Fibrobacter succinogenes endoglucanase 3 (cel-3).
  26.  - Pseudomonas fluorescens endoglucanase C (celC).
  27.  - Pseudomonas solanacearum endoglucanase (egl).
  28.  - Robillarda strain Y-20 endoglucanase I.
  29.  - Ruminococcus albus endoglucanases I (EG-I), A (celA), and B (celB).
  30.  - Ruminococcus flavefaciens cellodextrinase A (celA).
  31.  - Streptomyces lividans endoglucanase.
  32.  - Thermomonospora fusca endoglucanase E-5 (celE).
  33.  - Trichoderma reesei endoglucanase II (EGLII).
  34.  - Xanthomonas campestris endoglucanase (engxcA).
  35.  
  36. As well as:
  37.  
  38.  - Baker's yeast glucan 1,3-beta-glucosidase I/II (EC 3.2.1.58) (EXG1).
  39.  - Baker's yeast sporulation-specific glucan 1,3-beta-glucosidase (SPR1).
  40.  - Caldocellum saccharolyticum beta-mannanase (EC 3.2.1.78) (manA).
  41.  
  42. One of the  conserved regions in  these enzymes  contains a conserved glutamic
  43. acid  residue  which is  potentially  involved [5] in the catalytic mechanism.
  44. We have used this region as a signature pattern.
  45.  
  46. -Consensus pattern: [LIV]-[LIVMFYWGA](2)-[DNEG]-[LIVMGST]-x-N-E-[PV]-
  47.                     [RHDNSTLIVFY]
  48.                     [E is a putative active site residue]
  49. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  50.  for Robillarda Y-20 endoglucanase I and Ruminococcus flavefaciens celA  whose
  51.  sequences are known to be incorrect.
  52. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 6.
  53.  
  54. -Expert(s) to contact by email: Beguin P.
  55.                                 phycel@pasteur.bitnet
  56.                                 Henrissat B.
  57.                                 bernie@cermav.grenet.fr
  58.  
  59. -Last update: June 1994 / Text revised.
  60.  
  61. [ 1] Beguin P.
  62.      Annu. Rev. Microbiol. 44:219-248(1990).
  63. [ 2] Gilkes N.R., Henrissat B., Kilburn D.G., Miller R.C. Jr., Warren R.A.J.
  64.      Microbiol. Rev. 55:303-315(1991).
  65. [ 3] Henrissat B., Claeyssens M., Tomme P., Lemesle L., Mornon J.P.
  66.      Gene 81:83-95(1991).
  67. [ 4] Henrissat B.
  68.      Biochem. J. 280:309-316(1991).
  69. [ 5] Py B., Bortoli-German I., Haiech J., Chippaux M., Barras F.
  70.      Protein Eng. 4:325-333(1991).
  71.