home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00550 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.4 KB  |  53 lines
  1. ***************
  2. * Bromodomain *
  3. ***************
  4.  
  5. The bromodomain [1,2] is  a conserved region of  61 to 63 amino acids found in
  6. the following proteins:
  7.  
  8.  - Higher  eukaryotes  transcription  initiation  factor  TFIID 250 Kd subunit
  9.    (TBP-associated factor  p250)  (gene  CCG1). P250 associated with the TFIID
  10.    TATA-box binding  protein  and  seems  essential for progression  of the G1
  11.    phase of the cell cycle.
  12.  - Human  RING3,  a  protein  of  unknown function encoded in the MHC class II
  13.    locus.
  14.  - Drosophila female sterile homeotic protein (gene fsh),  required maternally
  15.    for proper   expression   of  other  homeotic  genes  involved  in  pattern
  16.    formation, such as Ubx.
  17.  - Drosophila brahma protein (gene brm), a protein required for the activation
  18.    of multiple homeotic genes.
  19.  - Yeast GCN5 [3], a  general  transcriptional  activator operating in concert
  20.    with certain other DNA-binding  transcriptional activators, such as GCN4 or
  21.    HAP2/3/4.
  22.  - Yeast NPS1/STH1, involved in G(2) phase control in mitosis.
  23.  - Yeast SNF2/SWI2, a transcriptional activator that appears to form a complex
  24.    with the SNF5 and SNF6 proteins.
  25.  - Yeast SPT7, a transcriptional activator of  Ty elements and possibly  other
  26.    genes.
  27.  - Caenorhabditis elegans hypothetical protein R10E11.1.
  28.  
  29. These proteins  contain  either  one  (brm,  GCN5, NPS1, SNF2 and SPT7) or two
  30. (CCG1, fsh, and RING3) copies of the bromodomain.
  31.  
  32. The function  of this domain is not yet known  but  it  could  be  involved in
  33. protein-protein interaction and  be important  for the assembly or activity of
  34. multicomponent complexes involved in transcription activation.
  35.  
  36. The consensus pattern  that  we  have developed  spans all but the last two C-
  37. terminal residues of the bromodomain.
  38.  
  39. -Consensus pattern: [STA]-x(2)-F-x(4)-[DNS]-x(5,7)-[DN]-Y-[HFY]-x-[LIVMF](2)-
  40.                     x(3)-[LIVM]-x(4)-[LIVM]-x(3)-[LIVMC]-x(4)-Y-x(12)-[LIVM]-
  41.                     x(2)-N-[SAC]-x(2)-Y-N
  42. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  43. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  44. -Last update: June 1994 / Text revised.
  45.  
  46. [ 1] Haynes S.R., Doolard C., Winston F., Beck S., Trowsdale J., Dawid I.B.
  47.      Nucleic Acids Res. 20:2693-2603(1992).
  48. [ 2] Tamkun J.W., Deuring R., Scott M.P., Kissinger M., Pattatucci A.M.,
  49.      Kaufman T.C., Kennison J.A.
  50.      Cell 68:561-572(1992).
  51. [ 3] Georgakopoulos T., Thireos G.
  52.      EMBO J. 11:4145-4152(1992).
  53.