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Text File  |  1995-03-04  |  2.4 KB  |  49 lines
  1. **********************************************************
  2. * Regulator of chromosome condensation (RCC1) signatures *
  3. **********************************************************
  4.  
  5. The regulator of chromosome condensation (RCC1) [1]  is  a  eukaryotic protein
  6. which binds  to  chromatin  and  interacts  with  ran,  a  nuclear GTP-binding
  7. protein, to promote the loss  of  bound GDP  and the uptake of fresh GTP, thus
  8. acting  as  a   guanine-nucleotide   dissociation  stimulator (GDS) [2].   The
  9. interaction of  RCC1  with  ran  probably  plays  an  important  role  in  the
  10. regulation of gene expression.
  11.  
  12. RCC1, known  as    PRP20  or  SRM1  in yeast, pim1 in fission yeast and BJ1 in
  13. Drosophila, is  a  protein  that  contains seven tandem repeats of a domain of
  14. about 50   to   60   amino   acids.   As  shown  in  the  following  schematic
  15. representation, the  repeats  make  up  the  major  part  of the length of the
  16. protein. Outside the repeat region, there is just a small N-terminal domain of
  17. about 40  to  50  residues  and,  in the Drosophila protein only, a C-terminal
  18. domain of about 130 residues.
  19.  
  20. +----+-------+-------+-------+-------+-------+-------+-------+-------------+
  21. |N-t.|Rpt. 1 |Rpt. 2 |Rpt. 3 |Rpt. 4 |Rpt. 5 |Rpt. 6 |Rpt. 7 | C-terminal  |
  22. +----+-------+-------+-------+-------+-------+-------+-------+-------------+
  23.                                                                In Drosophila
  24.  
  25. We developed  two  signature patterns for RCC1.  The  first is found in the N-
  26. terminal part  of  the second repeat; this is the most conserved part of RCC1.
  27. The second  is derived from conserved positions in the C-terminal part of each
  28. repeat and detects up to five copies of the repeated domain.
  29.  
  30. -Consensus pattern: G-x-N-D-x(2)-A-L-G-R-x-T
  31. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  33.  
  34. -Consensus pattern: [LIVMFA]-[STAGC](2)-G-x(2)-H-[STAGLI]-[LIVMFA]-x-[LIVM]
  35. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  36. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 30, in which  the pattern  is found
  37.  only ONCE,  while   it is found from two to five times in the members of this
  38.  family.
  39.  
  40. -Expert(s) to contact by email: Boguski M.S.
  41.                                 boguski@ncbi.nlm.nih.gov
  42.  
  43. -Last update: June 1994 / Text revised.
  44.  
  45. [ 1] Dasso M.
  46.      Trends Biochem. Sci. 18:96-101(1993).
  47. [ 2] Boguski M.S., McCormick F.
  48.      Nature 366:643-654(1993).
  49.