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Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.0 KB  |  43 lines
  1. *******************************************
  2. * Glycosyl hydrolases family 2 signatures *
  3. *******************************************
  4.  
  5. It has been shown [1,2] that the following  glycosyl hydrolases can be, on the
  6. basis of sequence similarities, classified into a single family:
  7.  
  8.  - Beta-galactosidases (EC 3.2.1.23) from  bacteria  such  as Escherichia coli
  9.    (genes  lacZ   and  ebgA),    Clostridium    acetobutylicum,    Clostridium
  10.    thermosulfurogenes,  Klebsiella pneumoniae,  Lactobacillus delbrueckii,  or
  11.    Streptococcus thermophilus and from the fungi Kluyveromyces lactis.
  12.  - Beta-glucuronidase (EC 3.2.1.31) from Escherichia coli (gene uidA) and from
  13.    mammals.
  14.  
  15. One of the conserved regions in  these enzymes  is  centered  on  a  conserved
  16. glutamic acid residue  which has been shown [3], in  Escherichia coli lacZ, to
  17. be the general acid/base catalyst  in the active site of the enzyme.  We  have
  18. used this  region as  a signature pattern.  As a  second  signature pattern we
  19. selected a highly conserved  region  located some sixty residues upstream from
  20. the active site glutamate.
  21.  
  22. -Consensus pattern: N-x-[LIVMFYWD]-R-[STACN](2)-H-Y-P-x(4)-[LIVMFYW](2)-x(3)-
  23.                     [DN]-x(2)-G-[LIVMFYW](4)
  24. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  25. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  26.  
  27. -Consensus pattern: [DENQF]-[KRVW]-N-H-[AP]-[SAC]-[LIVMF](3)-W-[GS]-x(2,3)-N-E
  28.                     [E is the active site residue]
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  30. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  31.  
  32. -Expert(s) to contact by email: Henrissat B.
  33.                                 bernie@cermav.grenet.fr
  34.  
  35. -Last update: October 1993 / Patterns and text revised.
  36.  
  37. [ 1] Henrissat B.
  38.      Biochem. J. 280:309-316(1991).
  39. [ 2] Schroeder C.J., Robert C., Lenzen G., McKay L.L., Mercenier A.
  40.      J. Gen. Microbiol. 137:369-380(1991).
  41. [ 3] Gebler J.C., Aebersold R., Withers S.G.
  42.      J. Biol. Chem. 267:11126-11130(1992).
  43.