home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00508 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.6 KB  |  33 lines
  1. **********************************************
  2. * Flagella basal body rod proteins signature *
  3. **********************************************
  4.  
  5. Many bacterial species  swim  actively by means of flagella [1].  The flagella
  6. organelle is made of three parts:  the basal body, the hook  and the filament.
  7. The basal body consists of four rings (L,P,S, and M) mounted on a central rod.
  8. In Salmonella typhimurium and related organisms the  rod has been shown [2] to
  9. consist of  four different, yet evolutionary related proteins:  in  the distal
  10. portion of the  rod  there  are  about  26 subunits of protein flgG and in the
  11. proximal portion  there  are about 6 subunits each of proteins flgB, flgC, and
  12. flgF.
  13.  
  14. These four proteins  contain  in  their N-terminal section  a highly conserved
  15. asparagine-rich domain that we have used as a signature pattern.
  16.  
  17. This pattern  is  also  found  in  the  flagella  hook protein flgE and in the
  18. Central Section  Of  The  Flaa  Flagella  Core  Protein Of The Spirochaetaceae
  19. Borrelia burgdorferi.
  20.  
  21. -Consensus pattern: [GAR]-x(9)-[LIVM]-x-[GAST]-[SNA]-N-[LIVM]-A-N-x(2)-[ST]
  22. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  23. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  24. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  25.  
  26. [ 1] Macnab R.M.
  27.      (In) Escherichia coli and Salmonella typhimurium: cellular and molecular
  28.      biology, Neidhardt F.C., Ingraham J.L., Low K.B., Magasanik B.,
  29.      Schaechter M., Umbarger H.E., Eds., pp70-83, American society for
  30.      Microbiology, Washington D.C, (1987).
  31. [ 2] Homma M., Kutsukake K., Hasebe M., Iino T., Macnab R.M.
  32.      J. Mol. Biol. 211:465-477(1990).
  33.