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Text File  |  1995-03-04  |  1.7 KB  |  38 lines
  1. ************************************************
  2. * Hok/gef family cell toxic proteins signature *
  3. ************************************************
  4.  
  5. In gram-negative bacteria there is a family of very small proteins which, when
  6. overexpressed, kill the cells  from the  inside  by  interfering  with a vital
  7. function in the cell membrane [1]. The proteins known to belong to this family
  8. are:
  9.  
  10.  - Escherichia coli chromosomal protein gef.
  11.  - Escherichia coli chromosomal protein relF.
  12.  - Plasmid F protein flmA.
  13.  - Plasmid F protein srnB.
  14.  - Plasmid R1 protein hok.
  15.  - Plasmids R16 and R483 protein pndA.
  16.  
  17. These proteins  consist  of 50 to 68 amino acids.  Their N-terminal section is
  18. hydrophobic and  seems  [2]  to form  a membrane-spanning region, while the C-
  19. terminal part  is  located in  the  periplasm  and  contains the toxic domain.
  20. Two cysteines  are conserved, one  in the N-terminal part and the other in the
  21. C-terminal part;  in the gef protein, this second cysteine  has been shown [2]
  22. to be involved in the formation of a disulfide bond between two monomers.
  23.  
  24. As a signature pattern we  selected the region  that  contains  the end of the
  25. membrane-spanning region and ends with the second cysteine.
  26.  
  27. -Consensus pattern: [LIVMA](4)-C-[LIVMA]-T-[LIVMA](2)-x(4)-[LIVM]-x-R-x(2)-L-C
  28.                     [The second C is involved in a disulfide bond]
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  30. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  31. -Last update: December 1991 / First entry.
  32.  
  33. [ 1] Gerdes K., Poulsen L.K., Thisted T., Nielsen A.K., Martinussen J.,
  34.      Andreasen P.H.
  35.      New Biol. 2:946-956(1991).
  36. [ 2] Poulsen L.K., Refn A., Molin S., Andersson P.
  37.      Mol. Microbiol. 5:1627-1637(1991).
  38.