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Text File  |  1995-03-04  |  2.0 KB  |  41 lines
  1. *************************************
  2. * DNA polymerase family X signature *
  3. *************************************
  4.  
  5. DNA polymerases (EC  2.7.7.7) can  be  classified,  on  the  basis of sequence
  6. similarity [1],  into  at  least  four  different  groups:  A, B, C and X. DNA
  7. polymerases that belong to family X are listed below [2]:
  8.  
  9.  - Vertebrate polymerase beta, involved in DNA repair.
  10.  - Yeast polymerase IV (POL4) [3], an  enzyme with similar characteristics  to
  11.    that of the mammalian polymerase beta.
  12.  - Terminal deoxynucleotidyltransferase   (TdT)  (EC 2.7.7.31).  TdT catalyzes
  13.    the elongation of polydeoxynucleotide chains by terminal addition.   One of
  14.    the functions of this enzyme is the addition of nucleotides at the junction
  15.    of rearranged Ig heavy chain and T cell receptor gene segments during the
  16.    maturation of B and T cells.
  17.  
  18. These enzymes  are  small  (about  40  Kd) compared with other polymerases and
  19. their reaction    mechanism  operates  via  a  distributive  mode,  i.e.  they
  20. dissociate from the template-primer after addition of each nucleotide.
  21.  
  22. As a  signature  pattern  for  this  family  of DNA polymerases, we selected a
  23. highly conserved  region    that  contains  two  conserved  arginines and  two
  24. conserved aspartic acid residues. The latter together with the second arginine
  25. have been shown [4] to be involved in primer binding in polymerase beta.
  26.  
  27. -Consensus pattern: G-[SG]-[FY]-x-R-G-x(3)-[SGC]-x-D-[LIVM]-D-[LIVMFY](3)-
  28.                     x(2)-P
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  30. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  31. -Last update: June 1994 / Text revised.
  32.  
  33. [ 1] Ito J., Braithwaite D.K.
  34.      Nucleic Acids Res. 19:4045-4057(1991).
  35. [ 2] Matsukage A., Nishikawa K., Ooi T., Seto Y., Yamaguchi M.
  36.      J. Biol. Chem. 262:8960-8962(1987).
  37. [ 3] Prasad R., Widen S.G., Singhal R.K., Watkins J., Prakash L., Wilson S.H.
  38.      Nucleic Acids Res. 21:5301-5307(1993).
  39. [ 4] Date T., Yamamoto S., Tanihara K., Nishimoto Y., Matsukage A.
  40.      Biochemistry 30:5286-5292(1991).
  41.