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Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  47 lines
  1. ***************************
  2. * P-II protein signatures *
  3. ***************************
  4.  
  5. The P-II protein (gene glnB) is  a bacterial protein important for the control
  6. of glutamine synthetase [1,2]. In nitrogen-limiting conditions, when the ratio
  7. of glutamine to 2-ketoglutarate decreases, P-II is uridylylated  on a tyrosine
  8. residue to  form  P-II-UMP.  P-II-UMP  allows  the  deadenylation of glutamine
  9. synthetase (GS), thus activating the enzyme.  Conversely, in  nitrogen excess,
  10. P-II-UMP is deuridylated  and then promotes the adenylation of GS.  P-II  also
  11. indirectly controls the  transcription of the GS gene (glnA) by preventing NR-
  12. II (ntrB) to phosphorylate  NR-I (ntrC) which is the transcriptional activator
  13. of glnA. Once P-II is uridylylated, these events are reversed.
  14.  
  15. P-II is a protein  of about  110 amino acid residues extremely well conserved.
  16. The tyrosine which  is  urydylated  is  located  in  the  central  part of the
  17. protein.
  18.  
  19. In  methanogenic archaebacteria, the  nitrogenase iron  protein gene (nifH) is
  20. followed by two  open reading  frames highly  similar  to the eubacterial P-II
  21. protein [3].  These  proteins could be involved in  the regulation of nitrogen
  22. fixation.
  23.  
  24. We developed two  signature  patterns  for  P-II protein.  The first one is  a
  25. conserved  stretch  (in eubacteria)   of  six  residues  which   contains  the
  26. urydylated  tyrosine, the other is  derived  from a conserved region in the C-
  27. terminal part of the P-II protein.
  28.  
  29. -Consensus pattern: Y-R-G-[AS]-E-Y
  30.                     [The second Y is uridylated]
  31. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL   glnB's
  32.  from eubacteria.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  34.  
  35. -Consensus pattern: T-x(3)-G-D-G-[KR]-I-F-[LIVM]-x(2)-[LIVM]
  36. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  37. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  38.  
  39. -Last update: June 1992 / Patterns and text revised.
  40.  
  41. [ 1] Magasanik B.
  42.      Biochimie 71:1005-1012(1989).
  43. [ 2] Holtel A., Merrick M.
  44.      Mol. Gen. Genet. 215:134-138(1988).
  45. [ 3] Sibold L., Henriquet M., Possot O., Aubert J.-P.
  46.      Res. Microbiol. 142:5-12(1991).
  47.