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Text File  |  1995-03-04  |  1.6 KB  |  35 lines
  1. *****************************
  2. * Pectinesterase signatures *
  3. *****************************
  4.  
  5. Pectinesterase (EC 3.1.1.11) (pectin methylesterase)  catalyzes the hydrolysis
  6. of pectin into pectate and methanol.  In plants, it plays an important role in
  7. cell wall metabolism during fruit ripening. In plant  bacterial pathogens such
  8. as Erwinia  carotovora  and  in  fungal  pathogens  such as Aspergillus niger,
  9. pectinesterase is involved in maceration and soft-rotting of plant tissue.
  10.  
  11. Prokaryotic and  eukaryotic  pectinesterases  share  a few regions of sequence
  12. similarity [1,2,3].  We  selected  two of these regions as signature patterns.
  13. The first is based on a region in the N-terminal section of these enzymes;  it
  14. contains a conserved tyrosine which may play a role in the catalytic mechanism
  15. [3]. The  second  pattern  corresponds  to  the  best  conserved    region, an
  16. octapeptide located in the central part of these enzymes.
  17.  
  18. -Consensus pattern: [GST]-x(5)-[LIVM]-x-[LIVM]-x(2)-G-x-Y-[DNK]-E-x-[LIVM]-x-
  19.                     [LIVM]
  20. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  21. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  22.  
  23. -Consensus pattern: G-[STAD]-[LIVMT]-D-F-I-F-G
  24. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  25. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  26.  
  27. -Last update: December 1992 / Patterns and text revised.
  28.  
  29. [ 1] Ray J., Knapp J., Grierson D., Bird C., Schuch W.
  30.      Eur. J. Biochem. 174:119-124(1988).
  31. [ 2] Plastow G.S.
  32.      Mol. Microbiol. 2:247-254(1988).
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  35.