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Text File  |  1995-03-04  |  3.6 KB  |  69 lines
  1. ************************
  2. * LIM domain signature *
  3. ************************
  4.  
  5. Recently [1,2] a number of proteins have  been  found  to  contain a conserved
  6. cysteine-rich domain of about 60 amino-acid residues. These proteins are:
  7.  
  8.  - Caenorhabditis elegans mec-3; a protein required for the differentiation of
  9.    the set of six touch receptor neurons in this nematode.
  10.  - Caenorhabditis  elegans  lin-11;  a  protein  required  for  the asymmetric
  11.    division of vulval blast cells.
  12.  - Mammalian insulin gene enhancer binding protein Isl-1.  Isl-1  binds to one
  13.    of the two cis-acting protein-binding domains of the insulin gene.
  14.  - Hamster  lmx-1, which acts as a transcriptional activator by binding to the
  15.    FLAT element; a  beta-cell-specific  transcriptional  enhancer found in the
  16.    insulin gene.
  17.  - Rat  LH-2,  a transcriptional regulatory protein involved in the control of
  18.    cell differentiation in developing lymphoid and neural cell types.
  19.  - Drosophila  protein  apterous,  required  for the normal development of the
  20.    wing and halter imaginal discs.
  21.  - Xenopus  Xlim-1,  probably  involved  in the establishment of the body plan
  22.    during gastrulation in embryos.
  23.  - Xenopus  Xlim-3,  probably involved in the specification and maintenance of
  24.    differentiation of distinct neuronal and neuroendocrine tissues.
  25.  - Mammalian rhombotins.   Rhombotin 1 (TTG-1)  and  rhombotin-2  (TTG-2)  are
  26.    proteins of about 160 amino acids  whose genes are disrupted by chromosomal
  27.    translocations in T-cell leukemia.
  28.  - Human  and  avian  cysteine-rich protein (CRP), a 192 amino-acid protein of
  29.    unknown function. Seems to interact with zyxin.
  30.  - Mammalian cysteine-rich intestinal protein (CRIP),  a  small  protein which
  31.    seems to   have   a  role  in  zinc  absorption  and  may  function  as  an
  32.    intracellular zinc transport protein.
  33.  - Sunflower pollen specific protein SF3.
  34.  - Chicken zyxin [3].  Zyxin is a  low-abundance adhesion plaque protein which
  35.    has been shown to interact with CRP.
  36.  - Yeast protein LRG1 which is involved in sporulation [4].
  37.  - Yeast hypothetical protein YKR090w.
  38.  
  39. These proteins  generally  have two tandem copies of a domain, called LIM (for
  40. Lin-11 Isl-1 Mec-3) in their N-terminal section. Zyxin is an exception in that
  41. it contains  three  domains  located at the C-terminal extremity. In apterous,
  42. Isl-1, LH-2,  lin-11,  Xlim-1,  Xlim-3,  lmx-1  and  mec-3 there is a homeobox
  43. domain some 50 to 95 amino acids after the LIM domains.
  44.  
  45. In the  LIM  domain,  there  are  seven  conserved  cysteine  residues  and  a
  46. histidine. The  arrangement followed by these conserved residues is  C-x(2)-C-
  47. x(16,23)-H-x(2)-C-x(2)-C-x(2)-C-x(16,21)-C-x(2,3)-[CHD]. The LIM  domain binds
  48. two zinc ions [5].  LIM does not bind DNA, rather it seems to act as interface
  49. for protein-protein interaction.   We developed a pattern that spans the first
  50. half of the LIM domain.
  51.  
  52. -Consensus pattern: C-x(2)-C-x(15,21)-[FYWH]-H-x(2)-C-x(2)-C-x(2)-C-x(3)-
  53.                     [LIVMF]
  54.                     [The 5 C's and the H bind zinc]
  55. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  56. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  57. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  58.  
  59. [ 1] Freyd G., Kim S.K., Horvitz H.R.
  60.      Nature 344:876-879(1990).
  61. [ 2] Baltz R., Evrard J.-L., Domon C., Steinmetz A.
  62.      Plant Cell 4:1465-1466(1992).
  63. [ 3] Sadler I., Crawford A.W., Michelsen J.W., Beckerle M.C.
  64.      J. Cell Biol. 119:1573-1587(1992).
  65. [ 4] Mueller A., Xu G., Wells R., Hollenberg C.P., Piepersberg W.
  66.      EMBL/GenBank: X78453.
  67. [ 5] Michelsen J.W., Schmeichel K.L., Beckerle M.C., Winge D.R.
  68.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90:4404-4408(1993).
  69.