home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00377 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  42 lines
  1. *****************************************
  2. * Thyroglobulin type-1 repeat signature *
  3. *****************************************
  4.  
  5. Thyroglobulin (Tg) is a large  glycoprotein  specific to the thyroid gland and
  6. it is  the  precursor  of  the  iodinated  thyroid hormones thyroxine (T4) and
  7. triiodothyronine (T3).  The  N-terminal  section of Tg  contains 10 repeats of
  8. a domain of  about 65 amino  acids which is known as the Tg type-1 repeat [1].
  9. Such a domain has also  been  found (as a single copy) in  the proteins listed
  10. below:
  11.  
  12.  - In the HLA class II associated invariant  chain [2].  In  that protein  the
  13.    type-1 repeat is encoded by  an exon which is alternatively  spliced and is
  14.    only present in a longer form of the protein.
  15.  - In human pancreatic carcinoma marker proteins GA733-1 and GA733-2 (which is
  16.    also known as epithelial  cell  surface antigen  (EPG)  or  adenocarcinoma-
  17.    associated antigen (KSA) or antigen KS 1/4). These proteins may function as
  18.    growth factor receptors [3].
  19.  - In nidogen (entactin), a sulfated glycoprotein  which is widely distributed
  20.    in basement membranes and that is tightly associated with laminin.  Nidogen
  21.    probably has a role in cell-extracellular matrix interactions.
  22.  - In the insulin-like growth factor binding proteins (IGFBP) [4].
  23.  
  24. The central part of the domain is  well conserved and contains four cysteines.
  25. We have used this region as a signature pattern.
  26.  
  27. -Consensus pattern: [FYWHP]-x-P-x-C-x(3,4)-G-x-[FYW]-x(3)-Q-C-x(4,10)-C-[FYW]-
  28.                     C-V-x(3,4)-[SG]
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  30. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  31. -Last update: December 1992 / Text revised.
  32.  
  33. [ 1] Malthiery Y., Lissitzky S.
  34.      Eur. J. Biochem. 165:491-498(1987).
  35. [ 2] Koch N., Lauer W., Habicht J., Dobberstein B.
  36.      EMBO J. 6:1677-1683(1987).
  37. [ 3] Szala S., Froehlich M., Scollon M., Kasai Y., Steplewski Z.,
  38.      Koprowski H., Linnenbach A.J.
  39.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87:3542-3546(1990).
  40. [ 4] Kiefer M.C., Masiarz F.R., Bauer D.M., Zapf J.
  41.      J. Biol. Chem. 266:9043-9049(1991).
  42.