home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00371 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  3.0 KB  |  66 lines
  1. *****************************************
  2. * Transmembrane 4 superfamily signature *
  3. *****************************************
  4.  
  5. Recently a number of eukaryotic  cell  surface  antigens have been found to be
  6. evolutionary related [1,2,3]. The proteins known  to belong to this family are
  7. listed below:
  8.  
  9.  - Mammalian antigen CD9 (MIC3). A protein involved in platelet activation and
  10.    aggregation.
  11.  - Mammalian leukocyte antigen CD37, expressed on B lymphocytes.
  12.  - Mammalian leukocyte antigen CD53 (OX-44),  which may be involved in  growth
  13.    regulation in hematopoietic cells.
  14.  - Mammalian  lysosomal  membrane  protein  CD63  (melanoma-associated antigen
  15.    ME491) (antigen AD1).
  16.  - Human tumor-associated antigen CO-029.
  17.  - Human protein R2 (antigen C33).
  18.  - Mammalian 26 Kd cell surface protein TAPA-1,  which  may  play an important
  19.    role in the regulation of lymphoma cell growth.
  20.  - Mink protein TI 1.
  21.  - Schistosoma mansoni and japonicum 23 Kd surface antigen (SM23 / SJ23).
  22.  
  23. These proteins  share  the following characteristics: they all seem to be type
  24. II membrane proteins (type II proteins contain a N-terminal membrane-anchoring
  25. domain  which is not cleaved during biosynthesis and which functions both as a
  26. translocation  signal  and  as a  membrane anchor); they  also  contain  three
  27. additional transmembrane regions, at least seven conserved cysteines residues,
  28. and are  of  approximately the same size (218 to 284 residues). These proteins
  29. are collectively  know as the 'transmembrane 4 superfamily' (TM4) because they
  30. span the  plasma  membrane  four  times.   A   schematic diagram of the domain
  31. structure of these proteins is shown below.
  32.  
  33.  +-+-----+-------+----+-----+-----+-----------------------------+-----+----+
  34.  | | TMa | Extra | TM2| Cyt | TM3 | Extracellular               | TM4 | Cyt|
  35.  +-+-----+-------+----C-----C-----+--------CC---------C-----C---+-----C----+
  36.                      *********
  37.  
  38. Cyt       : cytoplasmic domain.
  39. TMa       : transmembrane anchor.
  40. TM2 to TM4: transmembrane regions 2 to 4.
  41. 'C'       : conserved cysteine.
  42. '*'       : position of the pattern.
  43.  
  44. As a  signature  for  these  proteins,  we  selected  a  conserved region that
  45. includes two  cysteines  and  seems  to be located in a short cytoplasmic loop
  46. between two transmembrane domains.
  47.  
  48. -Consensus pattern: [GSA]-[LIVMF](2)-G-C-x-G-[STA]-x(2)-E-x(2)-C-[LIVM](2)
  49. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  50.  for mink protein TI 1.
  51. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  52.  
  53. -Expert(s) to contact by email: Levy S.
  54.                                 levy@cellbio.stanford.edu
  55.  
  56. -Last update: October 1993 / Text revised.
  57.  
  58. [ 1] Levy S., Nguyen V.Q., Andria M.L., Takahashi S.
  59.      J. Biol. Chem. 266:14597-14602(1991).
  60. [ 2] Tomlinson M.G., Williams A.F., Wright M.D.
  61.      Eur. J. Immunol. 23:136-40(1993).
  62. [ 3] Barclay A.N., Birkeland M.L., Brown M.H., Beyers A.D., Davis S.J.,
  63.      Somoza C., Williams A.F.
  64.      The leucocyte antigen factbooks.
  65.      Academic Press, London / San Diego, (1993).
  66.