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Text File  |  1995-03-04  |  3.0 KB  |  69 lines
  1. ************************************************************************
  2. * Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component *
  3. * signature                                                            *
  4. ************************************************************************
  5.  
  6. Bacterial binding protein-dependent transport systems [1,2] are multicomponent
  7. systems typically composed of a periplasmic substrate-binding protein,  one or
  8. two reciprocally  homologous integral inner-membrane proteins  and  one or two
  9. peripheral  membrane  ATP-binding  proteins  that  couple energy to the active
  10. transport system.
  11.  
  12. The integral  inner-membrane  proteins  translocate  the  substrate across the
  13. membrane. It  has  been  shown  [3]  that  most  of  these  proteins contain a
  14. conserved region  located  about  80  to  100  residues from their  C-terminal
  15. extremity. This  region  seems [4] to be located in a cytoplasmic loop between
  16. two transmembrane  domains.  Proteins  belonging  to  this  family  are listed
  17. below (references are only provided for recently sequenced proteins).
  18.  
  19.       Name(s)       Transport system
  20.       -----------   --------------------------------------
  21.       amiC  amiD    Oligopeptides
  22.       artM  artQ    Arginine
  23.       cysT  cysW    Sulfate / thiosulfate
  24.       dciAB dciAC   Dipeptides
  25.       hisM  hisQ    Histidine
  26.       malF  malG    Maltose
  27.       msmF  msmG    Melibiose / raffinose / isomaltotriose
  28.       modB          Molybdenum
  29.       nifC          Molybdenum (?)
  30.       nikB  nikC    Nickel
  31.       oppB  oppC    Oligopeptides
  32.       phnM          Alkylphosphonate (?)
  33.       potB  potC    Spermidine/putrescine
  34.       potH  potI    Putrescine                   [5]
  35.       proW          Glycine betaine / L-proline
  36.       pstA  pstC    Phosphate
  37.       sapB  sapC    Peptides                     [6]
  38.       ugpA  ugpE    sn-glycerol-3-phosphate
  39.  
  40.       mbpY          Unknown, from chloroplast of Marchantia polymorpha
  41.       yehW  yehY    Unknown, from Escherichia coli
  42.  
  43. We built  a  signature  pattern  from  the best conserved positions within the
  44. conserved region.
  45.  
  46. -Consensus pattern: [LIVMFY]-x(8)-[EQR]-[STAV]-[STAG]-x(3)-G-[LIVMFYSTAC]-
  47.                     x(5)-[LIVMFYSTA]-x(4)-[LIVMFY]-[PKR]
  48. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: the majority
  49.  of these proteins with the  exception of amiC, amiD, artM, dciAC, lacG, nikB,
  50.  nikC, phnM, sapB, and sapC.
  51. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 26.
  52. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  53.  
  54. [ 1] Ames G.F.-L.
  55.      Annu. Rev. Biochem. 55:397-425(1986).
  56. [ 2] Higgins C.F., Hyde S.C., Mimmack M.M., Gileadi U., Gill D.R.,
  57.      Gallagher M.P.
  58.      J. Bioenerg. Biomembr. 22:571-592(1990).
  59. [ 3] Dassa E., Hofnung M.
  60.      EMBO J. 4:2287-2293(1985).
  61. [ 4] Pearce S.R., Mimmack M.L., Gallagher M.P., Gileadi U., Hyde S.C.,
  62.      Higgins C.F.
  63.      Mol. Microbiol. 6:57-57(1992).
  64. [ 5] Pistocchi R., Kashiwagi K., Miyamoto S., Nukui E., Sadakata Y.,
  65.      Kobayashi H., Igarashi K.
  66.      J. Biol. Chem. 268:146-152(1993).
  67. [ 6] Parra-Lopez C., Baer M.T., Groisman E.A.
  68.      EMBO J. 12:4053-4062(1993).
  69.