home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00350 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  43 lines
  1. ************************************************************
  2. * Cereal trypsin/alpha-amylase inhibitors family signature *
  3. ************************************************************
  4.  
  5. The seeds  of cereals contain  numerous  serine  proteases  and  alpha-amylase
  6. inhibitors. These inhibitors can be grouped into families  based on structural
  7. similarities. The cereal trypsin/alpha-amylase inhibitor family [1,2] consists
  8. of proteins of about 120 amino acids  which  contain 10 cysteine residues, all
  9. of which  are  involved  in  disulfide  bonds.  Some of  these  inhibitors are
  10. specific to trypsin, others to alpha-amylase, and a few are bifunctional.  The
  11. schematic representation of the structure of these inhibitors is shown below:
  12.  
  13.                        +----------------------------+
  14.            +----------+|   +-+                      |
  15.     *******|****      ||   | |                      |
  16.   xxCxxxxxxCxxxCxxxxxxCCxxxCxCxxxxxxxxxxxxxCxxxxxxxxCxxxxxxxCxxxx
  17.     |          |                           |                |
  18.     |          +---------------------------+                |
  19.     +-------------------------------------------------------+
  20.  
  21. 'C': conserved cysteine involved in a disulfide bond.
  22. '*': position of the pattern.
  23.  
  24. This family of proteins also includes a number of seed allergenic protein from
  25. rice [3].
  26.  
  27. -Consensus pattern: C-x(10)-L-x(2)-C-x(2)-[LIVMFY](2)-x(3,4)-C
  28.                     [The three C's are involved in disulfide bonds]
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  30. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Drosophila Notch, human uromodulin,
  31.  human complement receptor 2 and Trypanosoma leucine repeat protein ESAG-8.
  32. -Last update: June 1994 / Text revised.
  33.  
  34. [ 1] Gautier M.-F., Alary R., Joudirer P.
  35.      Plant Mol. Biol. 14:313-322(1990).
  36. [ 2] Garcia-Olmedo F., Salcedo G., Sanchez-Monge R., Gomez L., Royo J.,
  37.      Carbonero P.
  38.      (In) Oxford Surveys of Plant Molecular and Cell Biology, Miflin B., Ed.,
  39.      vol. 4, pp. 275-334, Oxford University Press, Oxford, (1987).
  40. [ 3] Adachi T., Izumi H., Yamada T., Tanaka K., Takeuchi S., Nakamura R.,
  41.      Matsuda T.
  42.      Plant Mol. Biol. 21:239-248(1993).
  43.