home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00342 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  3.2 KB  |  67 lines
  1. *******************************************
  2. * Prokaryotic N-terminal methylation site *
  3. *******************************************
  4.  
  5. A number of bacteria express filamentous adhesins known as pili.  The pili are
  6. polar flexible filaments of about 5.4 nm diameter and  2500 nm average length;
  7. they  consist of a single polypeptide chain (called pilin or fimbrial protein)
  8. arranged in a helical configuration of five subunits per turn in the assembled
  9. pilus.  Gram-negative  bacteria  produce  pilin which are characterized by the
  10. presence of a  very  short  leader  peptide  of 6 to 7 residues, followed by a
  11. methylated N-terminal phenylalanine residue and by a highly conserved sequence
  12. of about 24 hydrophobic residues.  This class of pilin is often referred to as
  13. NMePhe or type-4 pili [1,2].
  14.  
  15. Recently a number  of  bacterial proteins  have been sequenced which share the
  16. following structural characteristics with type-4 pili [3]:
  17.  
  18.  a) The N-terminal residue, which  is  methylated, is hydrophobic (generally a
  19.     phenylalanine or a methionine);
  20.  b) The leader peptide is hydrophilic, consists of 5 to  10 residues (with two
  21.     exceptions, see below) and ends with a glycine;
  22.  c) The fifth residue of the mature  sequence is a glutamate which seems to be
  23.     required for the methylation step;
  24.  d) The first twenty residues of the mature sequence are highly hydrophobic.
  25.  
  26. These proteins are listed below:
  27.  
  28.  - Four proteins in an operon  involved  in  a general secretion pathway (GSP)
  29.    for  the export  of  proteins (also called the type II pathway) [4].  These
  30.    proteins have  been  assigned  a different gene name in each of the species
  31.    where they have been sequenced:
  32.  
  33.    Species                     Gene names
  34.    ------------------------    -------------------------
  35.    Aeromonas hydrophila        exeG   exeH   exeI   exeJ
  36.    Erwinia chrysanthemi        outG   outH   outI   outJ
  37.    Klebsiella pneumoniae       pulG   pulH   pulI   pulJ
  38.    Pseudomonase aeruginosa     xcpT   xcpU   xcpV   xcpW
  39.    Xanthomonas campestris      xpsG   xpsH   xpsI   xpsJ
  40.  
  41.  - Vibrio cholerae toxin co-regulated pilin (gene tcpA). This pilin has a much
  42.    longer putative leader peptide (25 residues).
  43.  - Bacillus subtilis comG competence operon  proteins  3,  4,  and 5 which are
  44.    involved for the uptake of DNA by competent Bacillus subtilis cells.
  45.  - ppdA, ppdB and ppdC, three Escherichia coli hypothetical  proteins found in
  46.    the thyA-recC intergenic region.
  47.  - ppdA, a  hypothetical  protein  near  the  groeLS  operon  of   Clostridium
  48.    perfringens. The putative leader peptide is 23 residues long.
  49.  
  50. We developed a signature  pattern  based on the N-terminal conserved region of
  51. all these proteins.
  52.  
  53. -Consensus pattern: [KRHEQSTAG]-G-[FYLIVM]-[ST]-[LT]-[LIVP]-E-[LIVMFWSTAG](14)
  54.                     [The residue after the G is methylated]
  55. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  56. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  57. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  58.  
  59. [ 1] Paranchych W., Frost L.S.
  60.      Adv. Microb. Physiol. 29:53-114(1988).
  61. [ 2] Dalrymple B., Mattick J.S.
  62.      J. Mol. Evol. 25:261-269(1987).
  63. [ 3] Hobbs M., Mattick J.S.
  64.      Mol. Microbiol. 10:233-243(1993).
  65. [ 4] Salmond G.P.C., Reeves P.J.
  66.      Trends Biochem. Sci. 18:7-12(1993).
  67.