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Text File  |  1995-03-04  |  3.0 KB  |  71 lines
  1. ************************
  2. * Connexins signatures *
  3. ************************
  4.  
  5. Gap junctions [1,2.3] are specialized regions  of  the  plasma  membrane which
  6. consist of closely  packed  pairs  of  transmembrane  channels, the connexons,
  7. through which small molecules  diffuse from a cell to a neighboring cell. Each
  8. connexon is composed  of an  hexamer of  an integral membrane protein which is
  9. often referred  to as connexin [4]. In a given species  there  are a number of
  10. different, yet structurally related, tissue specific, forms of connexins.  The
  11. types of connexins which are currently known are listed below.
  12.  
  13.  - Connexin 56   (Cx56).
  14.  - Connexin 50   (Cx50)   (lens fiber protein MP70).
  15.  - Connexin 46   (Cx46)   (alpha-3).
  16.  - Connexin 45   (Cx45)   (alpha-6).
  17.  - Connexin 43   (Cx43)   (alpha-1).
  18.  - Connexin 40   (Cx40)   (alpha-5).
  19.  - Connexin 38   (Cx38)   (alpha-2).
  20.  - Connexin 37   (Cx37)   (alpha-4).
  21.  - Connexin 33   (Cx33)   (alpha-7).
  22.  - Connexin 32   (Cx32)   (beta-1).
  23.  - Connexin 31.1 (Cx31.1) (beta-4).
  24.  - Connexin 31   (Cx31)   (beta-3).
  25.  - Connexin 30.3 (Cx30.3) (beta-5).
  26.  - Connexin 26   (Cx26)   (beta-2).
  27.  
  28. Structurally the connexins  consist of a  short cytoplasmic N-terminal domain,
  29. followed by four  transmembrane  segments  that delimit  two extracellular and
  30. one cytoplasmic loops; the C-terminal domain is cytoplasmic  and its length is
  31. variable  (from 20 residues in Cx26  to  260 residues in Cx56).  The schematic
  32. representation of this structure is shown below.
  33.  
  34.        NH2-***        ***          *************-COOH
  35.              **     **   **      **
  36.              **    **     **    **   Cytoplasmic
  37.           ---**----**-----**----**----------------
  38.              **    **     **    **   Membrane
  39.              **    **     **    **
  40.           ---**----**-----**----**----------------
  41.              **    **     **    **   Extracellular
  42.               **  **       **  **
  43.                 **           **
  44.  
  45. The sequences of the two extracellular loops are well conserved. In both loops
  46. there are three conserved cysteines which are involved in disulfide bonds [5].
  47. We have built signature patterns from each of these two loop regions.
  48.  
  49. -Consensus pattern: C-[DN]-T-x-Q-P-G-C-x(2)-V-C-Y-D
  50.                     [The three C's are involved in disulfide bonds]
  51. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  52. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  53.  
  54. -Consensus pattern: C-x(3,4)-P-C-x(3)-[LIVM]-[DEN]-C-[FY]-[LIVM]-[SA]-[KR]-P
  55.                     [The three C's are involved in disulfide bonds]
  56. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  57. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  58.  
  59. -Last update: June 1994 / Text revised.
  60.  
  61. [ 1] Evans W.H.
  62.      BioEssays 8:3-6(1988).
  63. [ 2] Kistler J., Bulivant S.
  64.      BioEssays 9:167-168(1988).
  65. [ 3] Kumar N.M., Giluda N.B.
  66.      Semin. Cell Biol. 3:3-16(1992).
  67. [ 4] Beyer E.C., Paul D.L., Goodenough D.A.
  68.      J. Membr. Biol. 116:187-194(1990).
  69. [ 5] Rahman S., Evans W.H.
  70.      J. Cell Sci. 100:567-578(1991).
  71.