home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00337 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  31 lines
  1. ********************************************************************
  2. * Prokaryotic sulfate- and thiosulfate-binding proteins signatures *
  3. ********************************************************************
  4.  
  5. Sulfate-binding  protein (gene sbp or sbpA)  and  thiosulfate-binding  protein
  6. (gene cysP) are  two structurally related periplasmic bacterial proteins which
  7. specifically bind sulfate and thiosulfate and  are  involved  in the transport
  8. systems for these nutrients [1,2].
  9.  
  10. As signature patterns for these  proteins  we  selected two conserved regions;
  11. one located  in  the  N-terminal  region  and the other in the central part of
  12. these proteins. The second pattern includes two adjacent amino acids (Ser-Gly)
  13. that, in sbp, are known to be essential for sulfate binding [3].
  14.  
  15. -Consensus pattern: K-x-[NQEK]-[GT]-G-[DQ]-x-[LIVM]-x(3)-Q-S
  16. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  17. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  18.  
  19. -Consensus pattern: N-P-K-[ST]-S-G-x-A-R
  20. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  21. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  22.  
  23. -Last update: October 1993 / Patterns and text revised.
  24.  
  25. [ 1] Hryniewicz M., Sirko A., Palucha A., Boeck A., Hulanicka D.
  26.      J. Bacteriol. 172:3358-3366(1990).
  27. [ 2] Laudenbach D.E., Grossman A.R.
  28.      J. Bacteriol. 173:2739-2750(1991).
  29. [ 3] Pflugrath J.W., Quiocho F.A.
  30.      J. Mol. Biol. 200:163-180(1988).
  31.