home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00310 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.3 KB  |  34 lines
  1. ***********************************
  2. * Ribosomal protein L11 signature *
  3. ***********************************
  4.  
  5. Ribosomal protein L11 is one of the proteins from the large ribosomal subunit.
  6. In Escherichia coli, L11 is known to bind directly to the 23S rRNA. It belongs
  7. to a family of ribosomal proteins which, on the basis of sequence similarities
  8. [1,2], groups:
  9.  
  10.  - Eubacterial L11.
  11.  - Archaebacterial L11.
  12.  - Plant chloroplast L11 (nuclear-encoded).
  13.  - Mammalian L12.
  14.  - Yeast L12 (YL15).
  15.  
  16. L11 is a protein of 140 to 165 amino-acid residues. As a signature pattern, we
  17. have selected  a  conserved  region located in the C-terminal section of these
  18. proteins. In  Escherichia  coli, the C-terminal half of L11 has been shown [3]
  19. to be  in  an  extended  and  loosely  folded conformation and is likely to be
  20. buried within the ribosomal structure.
  21.  
  22. -Consensus pattern: [RKN]-x-[LIVM]-x-G-[ST]-x(2)-[SN]-[LIVM]-G-x(2)-[LIVM]-
  23.                     x(0,1)-[DEN]
  24. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  25. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  26. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  27.  
  28. [ 1] Pucciarelli G., Remacha M., Ballesta J.P.G.
  29.      Nucleic Acids Res. 18:4409-4416(1990).
  30. [ 2] Otaka E., Hashimoto T., Mizuta K., Suzuki K.
  31.      Protein Seq. Data Anal. 5:301-313(1993).
  32. [ 3] Choli T.
  33.      Biochem. Int. 19:1323-1338(1989).
  34.