home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00305 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.1 KB  |  27 lines
  1. ********************
  2. * HMG1/2 signature *
  3. ********************
  4.  
  5. High mobility group (HMG) proteins  are a  family of  relatively low molecular
  6. weight non-histone components in chromatin.  HMG1  (also called HMG-T in fish)
  7. and HMG2 [1]  are  two  highly related  proteins that bind single-stranded DNA
  8. preferentially and  unwind  double-stranded DNA.  HMG1/2 are proteins of about
  9. 200 amino  acid  residues  with  a  highly acidic C-terminal section  which is
  10. composed of an  uninterrupted stretch of from  20 to  30 aspartic and glutamic
  11. acid residues; the rest of the protein sequence is very basic.
  12.  
  13. As a signature pattern we selected a  conserved stretch of 12 residues located
  14. in the N-terminal section of HMG1/2.
  15.  
  16. -Consensus pattern: [FI]-S-[KR]-K-C-S-[EK]-R-W-K-T-M
  17. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  18. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  19.  
  20. -Expert(s) to contact by email: Landsman D.
  21.                                 landsman@ncbi.nlm.nih.gov
  22.  
  23. -Last update: October 1993 / Pattern and text revised.
  24.  
  25. [ 1] Bustin M., Lehn D.A., Landsman D.
  26.      Biochim. Biophys. Acta 1049:231-243(1990).
  27.