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Text File  |  1995-03-04  |  2.5 KB  |  53 lines
  1. *********************************************
  2. * 'Cold-shock' DNA-binding domain signature *
  3. *********************************************
  4.  
  5. A conserved domain of about 70 amino acids  has  been found in prokaryotic and
  6. eukaryotic DNA-binding  proteins [1,2,3]. This domain,  which is  known as the
  7. 'cold-shock domain' (CSD) is present in the proteins listed below.
  8.  
  9.  - Escherichia coli protein CS7.4 (gene cspA) which  is induced in response to
  10.    low temperature (cold-shock protein) and which binds  to and stimulates the
  11.    transcription of the CCAAT-containing promoters of the HN-S  protein and of
  12.    gyrA.
  13.  - Human Y box binding protein 1 (YB-1).  A  protein  that binds to the CCAAT-
  14.    containing Y box of mammalian HLA class II genes.
  15.  - Xenopus Y box binding proteins -1 and -2 (Y1 and Y2). Proteins that bind to
  16.    the CCAAT-containing Y box of Xenopus hsp70 genes.
  17.  - Xenopus B box binding protein (YB3). YB3 binds the B  box  promoter element
  18.    of genes transcribed by RNA polymerase III.
  19.  - Enhancer factor I subunit A (EFI-A) (dbpB).  A  protein  that  also bind to
  20.    CCAAT-motif in various gene promoters.
  21.  - DbpA, a Human DNA-binding protein of unknown specificity.
  22.  - Bacillus subtilis cold-shock protein cpsB.
  23.  - Streptomyces clavuligerus protein SC 7.0.
  24.  - Escherichia coli proteins cspB, cspC, cspD and cspE.
  25.  - Unr, a mammalian gene encoded upstream of the N-ras gene. Unr contains nine
  26.    repeats that are similar to the CSD domain.  The function of Unr is not yet
  27.    known but it could be a multivalent DNA-binding protein.
  28.  
  29. As a signature pattern  for the CSD domain  we  selected  its  most  conserved
  30. region which is located in its N-terminal section.  It  must be noted that the
  31. beginning of this region is highly similar [4] to the RNP-1 RNA-binding motif.
  32.  
  33. -Consensus pattern: [FY]-G-F-I-x(6,7)-[DER]-[LIVM]-F-x-H-x-[ST]-x-[LIVMFY]
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.    This
  35.  pattern finds 4 out of the 9 repeats of the CSD domain in Unr.
  36. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: GRP-2, a glycine-rich  protein from
  37.  tobacco, the N-terminal part of this protein is strikingly similar to the CSD
  38.  domain.
  39.  
  40. -Expert(s) to contact by email: Landsman D.
  41.                                 landsman@ncbi.nlm.nih.gov
  42.  
  43. -Last update: June 1994 / Text revised.
  44.  
  45. [ 1] Doniger J., Landsman D., Gonda M.A., Wistow G.
  46.      New Biol. 4:389-395(1992).
  47. [ 2] Wistow G.
  48.      Nature 344:823-824(1990).
  49. [ 3] Jones P.G., Inouye M.
  50.      Mol. Microbiol. 11:811-818(1994).
  51. [ 4] Landsman D.
  52.      Nucleic Acids Res. 20:2861-2864(1992).
  53.