home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00286 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.5 KB  |  55 lines
  1. ******************************
  2. * Thaumatin family signature *
  3. ******************************
  4.  
  5. Thaumatin [1] is an intensively  sweet-tasting  protein (100 000 times sweeter
  6. than sucrose  on  a  molar  basis)  from  Thaumatococcus daniellii, an African
  7. brush. The protein is  made  of  about  200  residues and contains 8 disulfide
  8. bonds. A number of proteins have been found to be related to thaumatins. These
  9. protein are listed below.
  10.  
  11.  - A maize alpha-amylase/trypsin inhibitor [2].
  12.  - Two tobacco pathogenesis-related proteins: PR-R major  and minor forms [3],
  13.    which are induced after infection with viruses.
  14.  - Salt-induced protein NP24 from tomato [4].
  15.  - Salt-induced protein osmotin from tobacco [5].
  16.  - P21, a leaf protein from soybean [6].
  17.  - PWIR2, a leaf protein from wheat [7].
  18.  
  19. The exact  biological function  of all these  proteins is  not yet known. As a
  20. signature pattern, we selected a conserved region that includes three cysteine
  21. residues known (in thaumatin) to be involved in disulfide bonds.
  22.  
  23.    +----------------------------------------------------------------------+
  24.    |                                          +-----------------+         |
  25.    |                  *******                 |                 |         |
  26.  xxCxxxxxxxxxxxxxxxxCxxCxxCxCxxxxxxxxxxxxxxCxxCxCxxxCxCxxCCxCxxxCxxxxxCxxxCx
  27.                     |  |  | |              |    |   | |  || |         |
  28.                     +--+  +-+              |    +---+ +--++-+         |
  29.                                            +--------------------------+
  30.  
  31. 'C': conserved cysteine involved in a disulfide bond.
  32. '*': position of the pattern.
  33.  
  34. -Consensus pattern: G-x-C-x-T-G-D-C-x-G-x(2,3)-C
  35. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  36. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  37. -Last update: December 1992 / Pattern and text revised.
  38.  
  39. [ 1] Edens L., Heslinga L., Klok R., Ledeboer A.M., Maat J., Toonen M.Y.,
  40.      Visser C., Verrips C.T.
  41.      Gene 18:1-12(1982).
  42. [ 2] Richardson M., Valdes-Rodriguez S., Blanco-Labra A.
  43.      Nature 327:432-434(1987).
  44. [ 3] Payne G., Middlesteadt W., Williams S., Desai N., Parks T.D., Dincher S.,
  45.      Carnes M., Ryals J.
  46.      Plant Mol. Biol. 11:223-224(1988).
  47. [ 4] King G.J., Turner V.A., Hussey C.E. Jr., Wurtele E.S., Lee S.M.
  48.      Plant Mol. Biol. 10:401-412(1988).
  49. [ 5] Singh N.K., Nelson D.E., Kuhn D., Hasegawa P.M., Bressan R.A.
  50.      Plant Physiol. 90:1096-1101(1989).
  51. [ 6] Graham J.S., Burkhart W., Xiong J., Gillikin J.
  52.      Plant Physiol. 98:163-165(1992).
  53. [ 7] Rebmann G., Mauch F., Dudler R.
  54.      Plant Mol. Biol. 17:283-285(1991).
  55.