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Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.0 KB  |  42 lines
  1. **********************************************
  2. * 11-S plant seed storage proteins signature *
  3. **********************************************
  4.  
  5. Plant seed storage proteins, whose  principal function appears to be the major
  6. nitrogen  source for the developing plant,  can be classified, on the basis of
  7. their structure, into different families.  11-S are non-glycosylated  proteins
  8. which form hexameric structures [1,2].  Each of the subunits in the hexamer is
  9. itself composed of an acidic and a basic chain derived from a single precursor
  10. and linked  by a  disulfide bond.   This  structure is  shown in the following
  11. representation.
  12.  
  13.                    +-------------------------+
  14.                    |                         |
  15.         xxxxxxxxxxxCxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxNGxCxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
  16.                                           *********
  17.         <------Acidic-subunit-------------><-----Basic-subunit------>
  18.         <-----------------About-480-to-500-residues----------------->
  19.  
  20. 'C': conserved cysteine involved in a disulfide bond.
  21. '*': position of the pattern.
  22.  
  23. Proteins that belong to the 11-S family are: pea and broad bean legumins, rape
  24. cruciferin, rice glutelins,  cotton beta-globulins, soybean glycinins, pumpkin
  25. 11-S globulin, oat globulin, sunflower helianthinin G3, etc.
  26.  
  27. As a signature  pattern  for  this  family of proteins we used the region that
  28. includes the  conserved  cleavage  site between  the acidic and basic subunits
  29. (Asn-Gly) and a  proximal cysteine residue which is involved in the interchain
  30. disulfide bond.
  31.  
  32. -Consensus pattern: N-G-x-[DE](2)-x-[LIVMF]-C-[ST]-x(11,12)-[PAG]-D
  33.                     [C is involved in a disulfide bond]
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  36. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  37.  
  38. [ 1] Hayashi M., Mori H., Nishimura M., Akazawa T., Hara-Nishimura I.
  39.      Eur. J. Biochem. 172:627-632(1988).
  40. [ 2] Shotwell M.A., Afonso C., Davies E., Chesnut R.S., Larkins B.A.
  41.      Plant Physiol. 87:698-704(1988).
  42.