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Text File  |  1995-03-04  |  2.0 KB  |  38 lines
  1. *******************************************************************
  2. * Small, acid-soluble spore proteins, alpha/beta type, signatures *
  3. *******************************************************************
  4.  
  5. Small, acid-soluble spore proteins  (SASP or ASSP) [1,2] are proteins found in
  6. the spores of  bacteria  of  the  genera  Bacillus,  Thermoactynomycetes,  and
  7. Clostridium. SASP are bound to spore DNA. They are double-stranded DNA-binding
  8. proteins  that cause DNA to change to an A-like conformation. They protect the
  9. DNA backbone from chemical  and  enzymatic  cleavage  and are thus involved in
  10. dormant spore's high resistance to UV light.  SASP  are  degraded in the first
  11. minutes of spore  germination  and  provide  amino  acids for both new protein
  12. synthesis and metabolism.
  13.  
  14. There are two distinct families  of SASP: the  alpha/beta type and the  gamma-
  15. type. Alpha/beta SASP are small proteins of about sixty to  seventy amino acid
  16. residues.  They  are generally  coded by a multigene family.  Two  regions  of
  17. alpha/beta SASP are particularly well conserved: the  first  region is located
  18. in the N-terminal  half  and  contains  the  site  which is cleaved by a SASP-
  19. specific protease that acts during  germination;  the second region is located
  20. in the C-terminal section and is probably involved in DNA-binding. We selected
  21. both regions as signature patterns for these proteins.
  22.  
  23. -Consensus pattern: K-x-E-[IV]-A-x-E-[LIVMF]-G-[LIVM]
  24.                     [The cleavage site is between the first E and I/V]
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  26. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  27.  
  28. -Consensus pattern: [KR]-[SAQ]-x-G-x-V-G-G-x-[LIVM]-x-[KR](2)-[LIVM](2)
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  30. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  31.  
  32. -Last update: June 1992 / Patterns and text revised.
  33.  
  34. [ 1] Setlow P.
  35.      Annu. Rev. Microbiol. 42:319-338(1988).
  36. [ 2] Setlow P.
  37.      J. Bacteriol. 174:2737-2741(1992).
  38.