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Text File  |  1995-03-04  |  2.0 KB  |  50 lines
  1. *********************************
  2. * Mammalian defensins signature *
  3. *********************************
  4.  
  5. Defensins [1,2]  are  a  family of structurally related cysteine-rich peptides
  6. active against bacteria, fungi, and enveloped viruses. Some defensins are also
  7. called  corticostatins (CS)   because  they  inhibit  corticotropin-stimulated
  8. corticosteroid production.  The  peptides  known  to belong to this family are
  9. listed below.
  10.  
  11.  - Rabbit defensins and  corticostatins:  CS-I (NP-3A),  CS-II (NP-3B), CS-III
  12.    (MCP-1), CS-IV (MCP-2), NP-4, and NP-5.
  13.  - Guinea-pig neutrophil defensin (GPNP).
  14.  - Human neutrophil defensins 1 to 4 and intestinal defensins 5 and 6 [3].
  15.  - Mouse small bowel cryptdins 1 to 5 [4].
  16.  - Rat NP-1 to NP-4.
  17.  
  18. All these peptides range in length from 30 to 35 amino acids.  There are seven
  19. invariant  residues,  including   six  cysteines  all  involved  in intrachain
  20. disulfide bonds.     A schematic  representation of peptides from the defensin
  21. family is shown below.
  22.  
  23.                   +----------------------------+
  24.                   |****************************|
  25.                 xxCxCxxxxxCxxxxxxxGxCxxxxxxxxxCCxx
  26.                     |     |         |         |
  27.                     +-----|---------+         |
  28.                           +-------------------+
  29.  
  30. 'C': conserved cysteine involved in a disulfide bond.
  31. '*': position of the pattern.
  32.  
  33. Our pattern is based on five of the conserved residues.
  34.  
  35. -Consensus pattern: C-x-C-x(3,5)-C-x(7)-G-x-C-x(9)-C-C
  36.                     [The six C's are involved in disulfide bonds]
  37. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  38.  for mouse cryptdin 4.
  39. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: sheep keratin.
  40. -Last update: October 1993 / Pattern and text revised.
  41.  
  42. [ 1] Lehrer R.I., Ganz T., Selsted M.E.
  43.      ASM News 56:315-318(1990).
  44. [ 2] Lehrer R.I., Ganz T., Selsted M.E.
  45.      Cell 64:229-230(1991).
  46. [ 3] Jones D.E., Bevins C.L.
  47.      FEBS Lett. 315:187-192(1993).
  48. [ 4] Selsted M.E., Miller S.I., Henschen A.H., Ouellette A.J.
  49.      J. Cell Biol. 118:929-936(1992).
  50.