home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00215 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  3.0 KB  |  60 lines
  1. ***********************************
  2. * Integrins alpha chain signature *
  3. ***********************************
  4.  
  5. Integrins [1,2] are a large family of cell surface receptors that mediate cell
  6. to cell  as  well  as  cell  to matrix adhesion. Integrins recognize the R-G-D
  7. sequence in their extracellular matrix protein ligand. Structurally, integrins
  8. consist of a dimer of an alpha and a beta chain.  Each  subunit  has  a  large
  9. N-terminal extracellular domain followed by a transmembrane domain and a short
  10. C-terminal cytoplasmic  region.    Some    alpha  subunits   are cleaved post-
  11. translationally to produce  a  heavy  and a  light chain linked by a disulfide
  12. bond. The  sequence  of  a  number  of  alpha chains has been obtained and are
  13. listed below:
  14.  
  15.  - The alpha-1 chain (VLA-1) (CD49a)  which,  with the beta-1 chain, acts as a
  16.    receptor for laminin and collagen.
  17.  - The alpha-2 chain (VLA-2) (CD49b)  which,  with the beta-1 chain, acts as a
  18.    receptor that binds collagen.
  19.  - The alpha-3 chain (VLA-3) (Galactoprotein B3).
  20.  - The alpha-4 chain (VLA-4) (CD49d)  which,  with the beta-1 chain, interacts
  21.    with vascular cell adhesion protein 1 (VCAM-1).
  22.  - The alpha-5 chain (VLA-5) (CD49e) which,  with  the beta-1 chain,  forms  a
  23.    receptor specific to fibronectin.
  24.  - The alpha-6 chain (VLA-6) which,  with  the beta-1  chain, forms a platelet
  25.    laminin receptor.
  26.  - The alpha-8 chain which, with the  beta-1 chain  plays  a  possible role in
  27.    cell-cell interactions during axon-growth and fasciculation.
  28.  - The alpha-L chain (LFA-1) (CD11a)  which, with the beta-2 chain,  interacts
  29.    with intercellular adhesion molecule 1 (ICAM-1).
  30.  - The alpha-M chain (MAC-1) (CD11b)  which, with  the beta-2 chain, forms the
  31.    receptor for the iC3b fragment of the third complement component.
  32.  - The alpha-X chain (p150,95) (CD11c) which, with  the beta-2 chain, probably
  33.    forms a receptor for the iC3b fragment of the third complement component.
  34.  - The alpha-V chain (CD51) which,  with  the  beta-3 chain,  forms a receptor
  35.    that binds vitronectin.
  36.  - The alpha-IIB chain (CD41) (also known as platelet glycoprotein IIb) which,
  37.    with  the beta-3 chain, forms  a  receptor  which  binds  VWF,  fibrinogen,
  38.    fibronectin, and vitronectin.
  39.  - The Drosophila position-specific antigen 2 alpha chain (PS2).
  40.  - Caenorhabditis elegans hypothetical proteins F54F2.1 and F54G8.3.
  41.  
  42. All these integrin alpha chains  share a  conserved sequence which is found at
  43. the  beginning  of  the  cytoplasmic  domain,  just   after  the  end  of  the
  44. transmembrane region.  We  have  used  this  conserved  region  as a signature
  45. pattern.
  46.  
  47. -Consensus pattern: [FYWS]-[RK]-x-G-F-F-x-R
  48. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  49. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  50.  
  51. -Note: in position 7 of  the  pattern all vertebrate integrins have Lys, while
  52.  Drosophila PS2 has Asn.
  53.  
  54. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  55.  
  56. [ 1] Hynes R.O.
  57.      Cell 48:549-554(1987).
  58. [ 2] Albelda S.M., Buck C.A.
  59.      FASEB J. 4:2868-2880(1990).
  60.