home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00210 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  5.0 KB  |  124 lines
  1. *****************************************
  2. * G-protein coupled receptors signature *
  3. *****************************************
  4.  
  5. G-protein coupled receptors [1 to 4] (also called R7G) are  an extensive group
  6. of hormones,  neurotransmitters, odorants and  light receptors which transduce
  7. extracellular  signals  by  interaction  with  guanine  nucleotide-binding (G)
  8. proteins. The receptors that  are currently known to belong to this family are
  9. listed below.
  10.  
  11.  - 5-hydroxytryptamine (serotonin) 1A to 1F, 2A to 2C, 5A, 5B, 6 and 7 [5].
  12.  - Acetylcholine, muscarinic-type, M1 to M5.
  13.  - Adenosine A1, A2A, A2B and A3 [6].
  14.  - Adrenergic alpha-1A to -1C; alpha-2A to -2D;  beta-1 to -3 [7].
  15.  - Angiotensin II types I and II.
  16.  - B2 bradykinin.
  17.  - C5a anaphylatoxin.
  18.  - Cannabinoid CB1 and CB2.
  19.  - Cholecystokinin-A.
  20.  - Cholecystokinin-B/Gastrin.
  21.  - Dopamine D1 to D5 [8].
  22.  - Endothelin ET-a and ET-b [9].
  23.  - fMet-Leu-Phe (fMLP) (N-formyl peptide).
  24.  - Follicle stimulating hormone (FSH-R) [10].
  25.  - Gastrin-releasing peptide (GRP-R).
  26.  - Gonadotropin-releasing hormone (GNRH-R).
  27.  - Histamine H1 and H2 (gastric receptor I).
  28.  - Interleukin-8 (IL-8R).
  29.  - Lutropin-choriogonadotropic hormone (LSH-R) [10].
  30.  - Melanocortin MC1R to MC5R.
  31.  - Neuromedin B (NMB-R).
  32.  - Neuromedin K (NK-3R).
  33.  - Neuropeptide Y types 1 and 2.
  34.  - Neurotensin (NT-R).
  35.  - Octopamine (tyramine), from insects.
  36.  - Odorants [11].
  37.  - Opioids delta-, kappa- and mu-types [12].
  38.  - Oxytocin (OT-R).
  39.  - Platelet activating factor (PAF-R).
  40.  - Prostaglandin E, EP1 to EP3 subtypes.
  41.  - Purinoreceptors (ATP) [13].
  42.  - Somatostatin types 1 to 5.
  43.  - Substance-K (NK-2R).
  44.  - Substance-P (NK-1R).
  45.  - Thrombin.
  46.  - Thromboxane A2.
  47.  - Thyrotropin (TSH-R) [10].
  48.  - Thyrotropin releasing factor (TRH-R).
  49.  - Vasopressin V1a and V2.
  50.  - Visual pigments (opsins and rhodopsin) [14].
  51.  
  52.  - Proto-oncogene mas.
  53.  - A number of orphan receptors (whose ligand is not known) from  mammals  and
  54.    birds.
  55.  - Caenorhabditis elegans putative receptors C06G4.5 and C38C10.1.
  56.  - Three putative receptors encoded  in  the  genome of cytomegalovirus: US27,
  57.    US28, and UL33.
  58.  - ECRF3, a putative receptor encoded in the genome of herpesvirus saimiri.
  59.  - Slime mold cyclic AMP receptors.
  60.  
  61. The  structure of all  these receptors is  thought  to be identical. They have
  62. seven hydrophobic regions,  each  of which most probably  spans  the membrane.
  63. The N-terminus is located on the  extracellular  side of the  membrane  and is
  64. often  glycosylated,  while  the  C-terminus  is  cytoplasmic   and  generally
  65. phosphorylated.  Three extracellular loops  alternate with three intracellular
  66. loops to link the seven transmembrane regions.  Most,  but  not  all  of these
  67. receptors, lack a signal peptide. The most conserved parts  of  these proteins
  68. are the transmembrane regions and the first two cytoplasmic loops. A conserved
  69. acidic-Arg-aromatic triplet is  present  in  the N-terminal  extremity  of the
  70. second cytoplasmic loop [15] and could be implicated in the interaction with G
  71. proteins.
  72.  
  73. To detect this widespread family of  proteins we have developed a pattern that
  74. contains the conserved triplet and that also spans the major part of the third
  75. transmembrane helix.
  76.  
  77. -Consensus pattern: [GSTALIVMYWC]-[GSTANCPDE]-{EDPKRH}-x(2)-[LIVMNGA]-x(2)-
  78.                     [LIVMFT]-[GSTANC]-[LIVMFYWSTAC]-[DENH]-R-[FYWCSH]-x(2)-
  79.                     [LIVM]
  80. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  81.  for Xenopus ET-3 receptor, ECFR3,  prostaglandin E, EP3 subtype receptor  and
  82.  two gustative/odorant receptors.
  83. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 20.
  84.  
  85. -Expert(s) to contact by email: Chollet A.
  86.                                 arc3029@ggr.co.uk
  87.                                 Attwood T.K.
  88.                                 bph6tka@biovax.leeds.ac.uk
  89.                                 Kolakowski L.F. Jr.
  90.                                 lfk@receptor.mgh.harvard.edu
  91.  
  92. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  93.  
  94. [ 1] Strosberg A.D.
  95.      Eur. J. Biochem. 196:1-10(1991).
  96. [ 2] Kerlavage A.R.
  97.      Curr. Opin. Struct. Biol. 1:394-401(1991).
  98. [ 3] Probst W.C., Snyder L.A., Schuster D.I., Brosius J., Sealfon S.C.
  99.      DNA Cell Biol. 11:1-20(1992).
  100. [ 4] Savarese T.M., Fraser C.M.
  101.      Biochem. J. 283:1-9(1992).
  102. [ 5] Branchek T.
  103.      Curr. Biol. 3:315-317(1993).
  104. [ 6] Stiles G.L.
  105.      J. Biol. Chem. 267:6451-6454(1992).
  106. [ 7] Friell T., Kobilka B.K., Lefkowitz R.J., Caron M.G.
  107.      Trends Neurosci. 11:321-324(1988).
  108. [ 8] Stevens C.F.
  109.      Curr. Biol. 1:20-22(1991).
  110. [ 9] Sakurai T., Yanagisawa M., Masaki T.
  111.      Trends Pharmacol. Sci. 13:103-107(1992).
  112. [10] Salesse R., Remy J.J., Levin J.M., Jallal B., Garnier J.
  113.      Biochimie 73:109-120(1991).
  114. [11] Lancet D., Ben-Arie N.
  115.      Curr. Biol. 3:668-674(1993).
  116. [12] Uhl G.R., Childers S., Pasternak G.
  117.      Trends Neurosci. 17:89-93(1994).
  118. [13] Barnard E.A., Burnstock G., Webb T.E.
  119.      Trends Pharmacol. Sci. 15:67-70(1994).
  120. [14] Applebury M.L., Hargrave P.A.
  121.      Vision Res. 26:1881-1895(1986).
  122. [15] Attwood T.K., Eliopoulos E.E., Findlay J.B.C.
  123.      Gene 98:153-159(1991).
  124.