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Text File  |  1995-03-04  |  2.0 KB  |  45 lines
  1. **********************************
  2. * Amino acid permeases signature *
  3. **********************************
  4.  
  5. Amino acid permeases are integral  membrane proteins involved in the transport
  6. of amino acids into the cell.  A number of such proteins have been found to be
  7. evolutionary related [1,2,3]. These proteins are:
  8.  
  9.  - Yeast general amino acid permease (gene GAP1).
  10.  - Yeast arginine permease (gene CAN1).
  11.  - Yeast GABA permease (gene UGA4).
  12.  - Yeast histidine permease (gene HIP1).
  13.  - Yeast lysine permease (gene LYP1).
  14.  - Yeast proline permease (gene PUT4).
  15.  - Yeast choline transport protein (gene CTR1).
  16.  - Yeast YCL25c, a hypothetical transport protein from chromosome III.
  17.  - Yeast YKL174c, a hypothetical transport protein from chromosome XI.
  18.  - Emericella nidulans proline transport protein (gene prnB).
  19.  - Trichoderma harzianum amino acid permease INDA1.
  20.  - Escherichia coli aromatic amino acid transport protein (gene aroP).
  21.  - Escherichia coli GABA permease (gene gabP).
  22.  - Escherichia coli lysine-specific permease (gene lysP).
  23.  - Escherichia coli phenylalanine-specific permease (gene pheP).
  24.  - Escherichia coli hypothetical protein yeeF.
  25.  - Escherichia coli hypothetical protein yifK.
  26.  
  27. These proteins seem to contain up to 12 transmembrane segments. As a signature
  28. for this family of proteins we selected  the  best  conserved region  which is
  29. located in the second transmembrane segment.
  30.  
  31. -Consensus pattern: [STAGC]-G-P-x(2,3)-[LIVMFYW](2)-x-[LIVMFYW]-x-
  32.                     [LIVMFSTA](2)-[SAG]-x(3)-[LIVMFYW]-x-[LIVMS]-x(3)-[LMC]-
  33.                     [GA]-E-x(5)-[PS]
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  35.  for yeeF.
  36. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  37. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  38.  
  39. [ 1] Weber E., Chevalier M.R., Jund R.
  40.      J. Mol. Evol. 27:341-350(1988).
  41. [ 2] Vandenbol M., Jauniaux J.-C., Grenson M.
  42.      Gene 83:153-159(1989).
  43. [ 3] Reizer J., Finley K., Kakuda D., McLeod C.L., Reizer A., Saier M.H. Jr.
  44.      Protein Sci. 2:20-30(1993).
  45.