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Text File  |  1995-03-04  |  3.9 KB  |  82 lines
  1. ***************************************
  2. * Sugar transport proteins signatures *
  3. ***************************************
  4.  
  5. In mammalian  cells  the uptake of glucose is  mediated by a family of closely
  6. related transport  proteins which are called the glucose transporters [1,2,3].
  7. At least  seven of these transporters are  currently  known to exist (in Human
  8. they are encoded by the GLUT1 to GLUT7 genes).
  9.  
  10. These integral membrane proteins  are  predicted  to  comprise twelve membrane
  11. spanning domains.  The  glucose  transporters show sequence similarities [4,5]
  12. with a number of other sugar or  metabolite transport  proteins  listed  below
  13. (references are only provided for recently determined sequences).
  14.  
  15.  - Escherichia coli arabinose-proton symport (araE).
  16.  - Escherichia coli galactose-proton symport (galP).
  17.  - Escherichia coli and  Klebsiella pneumoniae  citrate-proton  symport  (also
  18.    known as citrate utilization determinant) (gene cit).
  19.  - Escherichia coli alpha-ketoglutarate permease (gene kgtP).
  20.  - Escherichia coli proline/betaine transporter (gene proP) [6].
  21.  - Escherichia coli xylose-proton symport (xylE).
  22.  - Zymomonas mobilis glucose facilitated diffusion protein (gene glf).
  23.  - Yeast high affinity glucose transport proteins (genes SNF3, HXT1 to HXT4).
  24.  - Yeast galactose transporter (gene GAL2).
  25.  - Yeast maltose permease (gene MAL6T).
  26.  - Yeast myo-inositol transporters (genes ITR1 and ITR2).
  27.  - Yeast inorganic phosphate transporter (gene PHO84).
  28.  - Kluyveromyces lactis lactose permease (gene LAC12).
  29.  - Neurospora crassa quinate transporter (gene Qa-y),  and Emericella nidulans
  30.    quinate permease (gene qutD).
  31.  - Chlorella hexose carrier (gene HUP1).
  32.  - Arabidopsis thaliana glucose transporter (gene STP1).
  33.  - Spinach sucrose transporter.
  34.  - Leishmania donovani transporters D1 and D2.
  35.  - Leishmania enriettii probable transport protein (LTP).
  36.  
  37.  - Yeast hypothetical protein YCR98c.
  38.  - Yeast hypothetical protein YKL217w.
  39.  - Caenorhabditis elegans hypothetical protein ZK637.1.
  40.  - Escherichia coli hypothetical protein yabE.
  41.  
  42. It has been suggested [4]  that these transport proteins have evolved from the
  43. duplication of  an  ancestral  protein  with  six  transmembrane regions, this
  44. hypothesis is based on the conservation  of two G-R-K/R motifs.  The first one
  45. is located  between  the second and third transmembrane domains and the second
  46. one between transmembrane domains 8 and 9.
  47.  
  48. We have developed  two patterns  to  detect this family of proteins. The first
  49. pattern is based on  the G-R-K/R motif; but because this motif is too short to
  50. be  specific to  this  family  of  proteins, we  have derived a pattern from a
  51. larger region  centered on the  second copy of this motif . The second pattern
  52. is based on a number of conserved residues which are located at the end of the
  53. fourth transmembrane  segment  and in the short loop region between the fourth
  54. and fifth segments.
  55.  
  56. -Consensus pattern: [LIVMSTA]-[DE]-x-[LIVMFYWA]-G-R-[RK]-x(4,6)-G
  57. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: the majority
  58.  of transporters with 10 exceptions.
  59. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 19.
  60.  
  61. -Consensus pattern: [LIVMF]-x-G-[LIVMFA]-x(2)-G-x(8)-[LIFY]-x(2)-[EQ]-x(6)-
  62.                     [RK]
  63. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: the majority
  64.  of transporters with 8 exceptions.
  65. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 32.
  66.  
  67. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  68.  
  69. [ 1] Silverman M.
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  82.