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Text File  |  1995-03-04  |  2.5 KB  |  54 lines
  1. ******************************************************
  2. * Beta-lactamases classes -A, -C, and -D active site *
  3. ******************************************************
  4.  
  5. Beta-lactamases (EC 3.5.2.6) [1,2]  are enzymes  which catalyze the hydrolysis
  6. of an amide bond in  the  beta-lactam ring  of  antibiotics  belonging  to the
  7. penicillin/cephalosporin  family.   Four  kinds of  beta-lactamase  have  been
  8. identified [3]. Class-B enzymes are zinc containing  proteins whilst class -A,
  9. C and D enzymes  are  serine hydrolases.  The  three  classes of serine  beta-
  10. lactamases are  evolutionary related and belong to a superfamily [4] that also
  11. includes DD-peptidases  and  a  variety  of  other penicillin-binding proteins
  12. (PBP's). All these proteins contain a  Ser-x-x-Lys motif,  where the serine is
  13. the active site residue.  Although  clearly  homologous,  the sequences of the
  14. three classes of serine beta-lactamases exhibit a large degree  of variability
  15. and only a small number of residues are conserved in addition to the catalytic
  16. serine.
  17.  
  18. Since a  pattern  detecting all serine beta-lactamases would also pick up many
  19. unrelated sequences,  we decided to provide specific patterns, centered on the
  20. active site serine, for each of the three classes.
  21.  
  22. -Consensus pattern: [FY]-x-[LIVMFY]-x-S-[TV]-x-K-x(4)-[AGL]-x(2)-[LC]
  23.                     [S is the active site residue]
  24. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL  class-A
  25.  beta-lactamases.
  26. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 4.
  27.  
  28. -Consensus pattern: F-E-[LIVM]-G-S-[LIVMG]-[SA]-K
  29.                     [The first S is the active site residue]
  30. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL  class-C
  31.  beta-lactamases.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  33.  
  34. -Consensus pattern: [PA]-x-S-[ST]-F-K-[LIV]-[PAL]-x-[STA]-[LI]
  35.                     [S is the active site residue]
  36. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL  class-D
  37.  beta-lactamases.
  38. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  39.  
  40. -Expert(s) to contact by email: Brannigan J.
  41.                                 jab5@vaxa.york.ac.uk
  42.  
  43. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  44.  
  45. [ 1] Ambler R.P.
  46.      Phil. Trans. R. Soc. London B 289:321-331(1980).
  47. [ 2] Pastor N., Pinero D., Valdes A.M., Soberon X.
  48.      Mol. Microbiol. 4:1957-1965(1990).
  49. [ 3] Bush K.
  50.      Antimicrob. Agents Chemother. 33:259-263(1989).
  51. [ 4] Joris B., Ghuysen J.-M., Dive G., Renard A., Dideberg O., Charlier P.,
  52.      Frere J.M., Kelly J.A., Boyington J.C., Moews P.C., Knox J.R.
  53.      Biochem. J. 250:313-324(1988).
  54.