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Text File  |  1995-03-04  |  2.5 KB  |  55 lines
  1. ***************************************************
  2. * C-5 cytosine-specific DNA methylases signatures *
  3. ***************************************************
  4.  
  5. C-5 cytosine-specific DNA methylases (EC 2.1.1.73) (C5 Mtase) are enzymes that
  6. specifically methylate  the  C-5  carbon  of  cytosines  in  DNA [1,2,3]. Such
  7. enzymes are found in the proteins described below.
  8.  
  9.  - As a component of type II  restriction-modification  systems in prokaryotes
  10.    and some  bacteriophages.    Such enzymes recognize a specific DNA sequence
  11.    where they  methylate  a  cytosine.  In  doing  so,  they  protect DNA from
  12.    cleavage by  type  II restriction enzymes that recognize the same sequence.
  13.    The sequences of a large number of type II C-5 Mtases are known.
  14.  - In vertebrates, there  are  a  number  of  C-5 Mtases  that  methylate  CpG
  15.    dinucleotides. The sequence of the mammalian enzyme is known.
  16.  
  17. C-5 Mtases share a number of short conserved regions. We selected two of them.
  18. The first  is  centered  around  a  conserved  Pro-Cys  dipeptide in which the
  19. cysteine has  been  shown  [4]  to be involved in the catalytic mechanism;  it
  20. appears to  form a covalent intermediate with the C6 position of cytosine. The
  21. second region is located at the C-terminal extremity in type-II enzymes.
  22.  
  23. -Consensus pattern: [DENK]-x-[FLIV]-x(2)-[GSTC]-x-P-C-x(2)-[FYWLIM]-S
  24.                     [C is the active site residue]
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  26.  for M.MthtI.
  27. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  28.  
  29. -Consensus pattern: [RKQGTF]-x(2)-G-N-[STAG]-[LIVMF]-x(3)-[LIVMT]-x(3)-[LIVM]-
  30.                     x(3)-[LIVM]
  31. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  32.  for M.AluI, M.HgaI 1 and 2, and M.HpaII.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 13.
  34.  
  35. -Note: in  the  first  position  of the pattern, most known Mtases have Arg or
  36.  Lys.
  37.  
  38. -Expert(s) to contact by email: Roberts R.J.
  39.                                 roberts@neb.com
  40.                                 Bickle T.
  41.                                 bickle@urz.unibas.ch
  42.  
  43. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  44.  
  45. [ 1] Posfai J., Bhagwat A.S., Roberts R.J.
  46.      Gene 74:261-263(1988).
  47. [ 2] Kumar S., Cheng X., Klimasauskas S., Mi S., Posfai J., Roberts R.J.,
  48.      Wilson G.G.
  49.      Nucleic Acids Res. 22:1-10(1994).
  50. [ 3] Lauster R., Trautner T.A., Noyer-Weidner M.
  51.      J. Mol. Biol. 206:305-312(1989).
  52. [ 4] Chen L., McMillan A.M., Chang W., Ezak-Nipkay K., Lane W.S.,
  53.      Verdine G.L.
  54.      Biochemistry 30:11018-11025(1991).
  55.