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Text File  |  1995-03-04  |  2.4 KB  |  48 lines
  1. ***************************************************************
  2. * Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signatures *
  3. ***************************************************************
  4.  
  5. Nitrogenase (EC 1.18.6.1) [1] is  the enzyme system responsible for biological
  6. nitrogen fixation.  Nitrogenase is an oligomeric complex which consists of two
  7. components:  component 2  is  an  homodimer  of  an iron-sulfur protein, while
  8. component 1  which  contains  the active site for the reduction of nitrogen to
  9. ammonia exists in three different forms:
  10.  
  11.  - A molybdenum-iron containing protein (MoFe). The MoFe protein is a  hetero-
  12.    tetramer consisting of two pairs of alpha (nifD) and beta (nifK) subunits.
  13.  - A vanadium-iron containing protein (VFe).   The VFe protein is a hexamer of
  14.    two pairs each of alpha (vnfD), beta (vnfK), and delta (vnfG) subunits.
  15.  - The third form of component 1 seems to only contain iron. Like the vanadium
  16.    form it  is  a  hexamer  composed  of  alpha (anfD), beta (anfK), and delta
  17.    (anfG) subunits.
  18.  
  19. The alpha and  beta  chains of the three types of component 1 are evolutionary
  20. related and they are  also  related to proteins  nifE and nifN, which are most
  21. probably involved in the iron-molybdenum cofactor biosynthesis [2].
  22.  
  23. We selected as signature patterns for this family of proteins two stretches of
  24. residues which are located  in the N-terminal section and which each contain a
  25. conserved cysteine  thought  to  be  one  of  the ligands for the metal-sulfur
  26. clusters.
  27.  
  28. -Consensus pattern: [LIVMFYH]-[LIVMFST]-H-[AG]-[AGSP]-[LIVMQA]-[AG]-C
  29.                     [C is a putative iron-sulfur ligand]
  30. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  31.  for Anabaena strain  PCC 7120  and  Methanococcus  thermolithotrophicus  nifK
  32.  which have Gln instead of the conserved His.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  34.  
  35. -Consensus pattern: [STANQ]-[ET]-C-x(5)-G-D-[DN]-[LIVMT]-x-[STAGR]-[LIVMFYST]
  36.                     [C is a putative iron-sulfur ligand]
  37. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  38.  for nifN proteins.
  39. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  40.  
  41. -Last update: December 1992 / Patterns and text revised.
  42.  
  43. [ 1] Pau R.N.
  44.      Trends Biochem. Sci. 14:183-186(1989).
  45. [ 2] Aguilar O.M., Taormino J., Thoeny B., Ramseier T., Hennecke H.,
  46.      Szalay A.A.
  47.      Mol. Gen. Genet. 224:413-420(1990).
  48.