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Text File  |  1995-03-04  |  3.7 KB  |  70 lines
  1. *************************************************************
  2. * D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signatures *
  3. *************************************************************
  4.  
  5. A number  of  NAD-dependent 2-hydroxyacid  dehydrogenases  which  seem  to  be
  6. specific for the D-isomer of their substrate  have  been shown [1,2,3,4] to be
  7. functionally and structurally related. These enzymes are listed below.
  8.  
  9.  - D-lactate dehydrogenase (EC 1.1.1.28), a  bacterial  enzyme which catalyzes
  10.    the reduction of D-lactate to pyruvate.
  11.  - D-glycerate dehydrogenase  (EC 1.1.1.29)   (NADH-dependent  hydroxypyruvate
  12.    reductase), a plant leaf peroxisomal enzyme that catalyzes the reduction of
  13.    hydroxypyruvate  to  glycerate.  This  reaction  is  part  of the glycolate
  14.    pathway of photorespiration.
  15.  - D-glycerate dehydrogenasae from the bacteria Hyphomicrobium methylovorum.
  16.  - 3-phosphoglycerate dehydrogenase  (EC 1.1.1.95), a  bacterial  enzyme  that
  17.    catalyzes the oxidation of D-3-phosphoglycerate to 3-phosphohydroxypyruvate.
  18.    This reaction  is  the first commited  step in the 'phosphorylated' pathway
  19.    of serine biosynthesis.
  20.  - Erythronate-4-phosphate dehydrogenase (EC 1.1.1.-) (gene pdxB), a bacterial
  21.    enzyme involved in the biosynthesis of pyridoxine (vitamin B6).
  22.  - D-2-hydroxyisocaproate  dehydrogenase (EC 1.1.1.-) (D-hicDH),  a  bacterial
  23.    enzyme that catalyzes  the  reversible  and stereospecific  interconversion
  24.    between 2-ketocarboxylic acids and D-2-hydroxy-carboxylic acids.
  25.  - Formate dehydrogenase (EC 1.2.1.2) (FDH) from  the bacteria Pseudomonas sp.
  26.    101 and the yeast Hansenula polymorpha.
  27.  - Vancomycin  resistance protein vanH from Enterococcus faecium; this protein
  28.    is a  D-specific alpha-keto acid dehydrogenase involved in the formation of
  29.    a peptidoglycan  which  does  not  terminate  by  D-alanine thus preventing
  30.    vancomycin binding.
  31.  - Emericella nidulans protein aciA.
  32.  
  33. All these enzymes  have  similar enzymatic  activities  and  are  structurally
  34. related.  We  have  selected  three  of  the  most conserved  regions of these
  35. proteins to develop patterns.  The  first  pattern  is based on a glycine-rich
  36. region located in the central section of these enzymes,  this  region probably
  37. corresponds to the NAD-binding domain. The two other patterns contain a number
  38. of conserved charged residues,  some of which may play a role in the catalytic
  39. mechanism.
  40.  
  41. -Consensus pattern: [LIVM]-[AG]-[LIVMT]-[LIVMY]-[AG]-x-G-[NHRQS]-[LIVM]-G-
  42.                     x(13,14)-[LIVMT]-x(2)-[FYCT]-[DSTK]
  43. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  44. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  45.  
  46. -Consensus pattern: [DES]-[LIVMFY](2)-x(2)-[SAC]-[DQ]-[LIVMF](2)-x-[LIVMFY]-
  47.                     [HN]-x-[PV]
  48. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  49. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: lipase 3 from Moraxella sp.
  50.  
  51. -Consensus pattern: [LIVMFYA]-[KHP]-x-[GD]-x-[LIVMFYW](3)-N-x-[STAGC]-R-[GP]-
  52.                     x-[LIVM]-[LIVMC]-[DV]
  53. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  54.  for B.subtilis D-3-phosphoglycerate dehydrogenase.
  55. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  56.  
  57. -Note: Escherichia coli D-lactate  dehydrogenase (gene dld) does not belong to
  58.  this family, it is a membrane-bound FAD flavoenzyme.
  59.  
  60. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  61.  
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