home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00051 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.2 KB  |  31 lines
  1. **********************************
  2. * Ribosomal protein S7 signature *
  3. **********************************
  4.  
  5. Ribosomal protein  S7 is one of the proteins from the small ribosomal subunit.
  6. In Escherichia  coli, S7 is known to bind directly to part of the 3'end of 16S
  7. ribosomal RNA.  It  belongs  to  a family of ribosomal  proteins which, on the
  8. basis of sequence similarities [1,2], groups:
  9.  
  10.  - Eubacterial S7.
  11.  - Archaebacterial S7.
  12.  - Algal and plant chloroplast S7.
  13.  - Cyanelle S7.
  14.  - Plant mitochondrial S7.
  15.  - Mammalian S5.
  16.  
  17. As a  signature  pattern, we selected the best conserved region located in the
  18. N-terminal section of these proteins.
  19.  
  20. -Consensus pattern: [DENSK]-x-[LIVME]-x(3)-[LIVMFT](2)-x(6)-G-K-[KR]-x(5)-
  21.                     [LIVMF](2)-x(2)-[STA]
  22. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  23.  for Thermococcus celer S7.
  24. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  25. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  26.  
  27. [ 1] Klussmann S., Franke P., Bergmann U., Kostka S., Wittmann-Liebold B.
  28.      Biol. Chem. Hoppe-Seyler 374:305-312(1993).
  29. [ 2] Otaka E., Hashimoto T., Mizuta K.
  30.      Protein Seq. Data Anal. 5:285-300(1993).
  31.