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Text File  |  1995-03-04  |  2.2 KB  |  47 lines
  1. ********************************************************
  2. * Bacterial regulatory proteins, gntR family signature *
  3. ********************************************************
  4.  
  5. The many bacterial transcription regulation proteins which bind DNA  through a
  6. 'helix-turn-helix' motif can  be  classified into subfamilies  on the basis of
  7. sequence similarities. One of these subfamilies groups together [1,2,3]:
  8.  
  9.  - fadR  from  Escherichia  coli,  a  multifunctional  regulator of fatty acid
  10.    metabolism.
  11.  - gntR from Bacillus subtilis, the transcriptional repressor of the gluconate
  12.    operon.
  13.  - hutC, Klebsiella aerogenes and Pseudomonas putida transcriptional repressor
  14.    of the histidine utilization (hut) operon.
  15.  - korA from Streptomyces  lividans plasmid  pIJ101, a  regulator protein that
  16.    controls plasmid transfer.
  17.  - lctR  from  Escherichia  coli,  a  putative  regulator   of  the  L-lactate
  18.    dehydrogenase operon.
  19.  - phdR from Escherichia coli,  the transcriptional  repressor of the pyruvate
  20.    dehydrogenase complex.
  21.  - phnF from Escherichia coli, a putative transcriptional regulator of the phn
  22.    locus which  encodes  proteins  involved  in  alkylphosphonate  uptake  and
  23.    cleavage of the carbon-phosphorus bond.
  24.  - Escherichia coli protein P30,  a possible  transcriptional regulator of the
  25.    succinyl-CoA-synthetase operon.
  26.  - yidP, an Escherichia coli hypothetical protein.
  27.  - yihL, an Escherichia coli hypothetical protein.
  28.  
  29. The 'helix-turn-helix' DNA-binding motif of these proteins  is  located in the
  30. N-terminal part of the sequences.  The pattern we use to detect these proteins
  31. spans the complete helix-turn-helix motif.
  32.  
  33. -Consensus pattern: E-x(2)-[LIVM]-x(3)-[LIVMF]-x-[LIVMF]-[NSTK]-R-x(2)-[LIVM]-
  34.                     x(3)-[LIVM]-x(2)-L
  35. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  36.  for korA.
  37. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Turnip   Yellow  Mosaic  virus  RNA
  38.  replicase polyprotein.
  39. -Last update: June 1994 / Text revised.
  40.  
  41. [ 1] Buck D., Guest J.R.
  42.      Biochem. J. 260:737-747(1989).
  43. [ 2] Haydon D.J., Guest J.R.
  44.      FEMS Microbiol. Lett. 79:291-296(1991).
  45. [ 3] Reizer A., Deutscher J., Saier M.H. Jr., Reizer J.
  46.      Mol. Microbiol. 5:1081-1089(1991).
  47.