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Text File  |  1995-03-04  |  3.6 KB  |  75 lines
  1. ***************************************************
  2. * WAP-type 'four-disulfide core' domain signature *
  3. ***************************************************
  4.  
  5. Small proteins that contain  8  cysteine residues  involved in disulfide bonds
  6. have been called 'four-disulfide core' proteins [1]. It is probable that these
  7. proteins share the same  tertiary  structure folding pattern, but many of them
  8. are  not  related at  the  sequence level.  There is, however, a group of such
  9. structurally related proteins which are listed below.
  10.  
  11.  - Whey acidic protein (WAP).  WAP  is  a  major component of  milk whey whose
  12.    exact function is not yet known.  It  consists of two 'four-disulfide core'
  13.    domains.
  14.  - Antileukoproteinase 1 (HUSI),  a mucous  fluid serine proteinase inhibitor.
  15.    HUSI consists of two 'four-disulfide core' domains.
  16.  - Elafin, an elastase-specific inhibitor from human skin [2].
  17.  - Sodium/potassium ATPase inhibitors SPAI-1, -2, and -3 from pig [3].
  18.  - Chelonianin, a protease inhibitor from  the eggs  of  red sea turtle.  This
  19.    inhibitor  consists of  two  domains:  an N-terminal domain which  inhibits
  20.    trypsin and  belongs  to  the  BPTI/Kunitz  family  of  inhibitors,  and  a
  21.    C-terminal domain  which  inhibits subtilisin and is a 'four-disulfide core
  22.    domain'.
  23.  - WDNM1 protein [4], involved in  the metastatic potential of adenocarcinomas
  24.    in rats.
  25.  - Caltrin-like  protein  II  from  guinea  pig  [5],  which  inhibits calcium
  26.    transport into spermatozoa.
  27.  - Kallmann syndrome protein (ADML-X or KALIG-1) [6].  This protein  may  be a
  28.    secreted adhesion-like molecule with anti-protease activity.  It contains a
  29.    a 'four-disulfide core domain' in its N-terminal part.
  30.  
  31. The following schematic  representation  shows  the  position of the conserved
  32. cysteines for that category  of 'four-disulfide core'  domain and the location
  33. of the signature pattern for such a domain.
  34.  
  35.                             +---------------------+
  36.                             |    +-----------+    |
  37.                             |    |           |    |
  38.            xxxxxCPxxxxxxxxxxCxxxxCxxxxxCxxxxxCCxxxCxxxCxxxxx
  39.                 |                ******|******|       |
  40.                 |                      +--------------+
  41.                 |                             |
  42.                 +-----------------------------+
  43.  
  44.            <------------------50-residues------------------>
  45.  
  46. 'C': conserved cysteine involved in a disulfide bond.
  47. '*': position of the pattern.
  48.  
  49. -Consensus pattern: C-x-{C}-[DN]-x(2)-C-x(5)-C-C
  50.                     [The four C's are involved in disulfide bonds]
  51. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  52. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: chicken vasotocin-neurophysin, rice
  53.  oryzain beta and Caenorhabditis elegans K04H4.3.
  54.  
  55. -Expert(s) to contact by email: Claverie J.-M.
  56.                                 jmc@ncbi.nlm.nih.gov
  57.  
  58. -Last update: December 1992 / Text revised.
  59.  
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