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Text File  |  1995-03-04  |  1.6 KB  |  36 lines
  1. ****************************************
  2. * Bipartite nuclear targeting sequence *
  3. ****************************************
  4.  
  5. The uptake  of protein by  the   nucleus  is extremely selective   and nuclear
  6. proteins must therefore  contain within  their final  structure a signal  that
  7. specifies selective accumulation in the nucleus [1,2]. Studies on some nuclear
  8. proteins, such as  the  large T antigen of SV40,  have indicated which part of
  9. the sequence  is  required  for  nuclear  translocation.   The  known  nuclear
  10. targeting sequences  are   generally  basic, but  there  seems to  be no clear
  11. common denominator  between  all the known sequences.  Although some consensus
  12. sequence patterns have  been proposed (see for example [3]),  the current best
  13. strategy to detect a nuclear targeting sequence is based [4] on  the following
  14. definition of what is called a 'bipartite nuclear targeting sequence':
  15.  
  16.   (1) Two adjacent basic amino acids (Arg or Lys).
  17.   (2) A spacer region of any 10 residues.
  18.   (3) At least three basic residues (Arg or Lys) in the five positions
  19.       after the spacer region.
  20.  
  21. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: 56% of known
  22.  nuclear proteins according to [4].
  23. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: about 4.2% of  non-nuclear proteins
  24.  according to [4].
  25.  
  26. -Last update: October 1993 / Text revised.
  27.  
  28. [ 1] Dingwall C., Laskey R.A.
  29.      Annu. Rev. Cell Biol. 2:367-390(1986).
  30. [ 2] Garcia-Bustos J., Heitman J., Hall M.N.
  31.      Biochim. Biophys. Acta 1071:83-101(1991).
  32. [ 3] Gomez-Marquez J., Segade F.
  33.      FEBS Lett. 226:217-219(1988).
  34. [ 4] Dingwall C., Laskey R.A.
  35.      Trends Biochem. Sci. 16:478-481(1991).
  36.