home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Crawly Crypt Collection 1 / crawlyvol1.bin / apps / science / readseq / make.ncb < prev    next >
Text File  |  1992-12-30  |  3KB  |  111 lines
  1. #
  2. # Unix Makefile for readseq
  3. # to use, command me:
  4. #  %  make       -- or --
  5. #  %  make CC=your-c-compiler-name
  6. #
  7.  
  8. # pick an ANSI C compiler (the default Sun CC is not ANSI)
  9. CC=gcc  # Gnu C Compiler
  10. #CC=cc  # SGI Irix
  11. #CC=vcc # some DEC Ultrix
  12.  
  13. CFLAGS=
  14. #CFLAGS= -DSMALLCHECKSUM  # if you prefer to use a GCG-standard 13 bit checksum
  15. #    instead of a full 32 bit checksum. This may enhance compatibility w/ GCG software
  16.  
  17. SOURCES= readseq.c ureadseq.c ureadseq.h ureadasn.c
  18. DOCS= Readme readseq.help Formats Stdfiles Makefile Make.com add.gdemenu *.std
  19.  
  20.  
  21. # NCBI toolkit support for ASN.1 reader
  22.  
  23. # this is path to NCBI toolkit, you must set for your system:
  24. NCBI=/bio/mb/ncbi
  25. #
  26. OTHERLIBS=-lm
  27. LIB1=-lncbi
  28. LIB2=-lncbiobj
  29. LIB3=-lncbicdr
  30. LIB4=-lvibrant
  31. INCPATH=$(NCBI)/include
  32. LIBPATH=$(NCBI)/lib
  33. NCFLAGS=$(CFLAGS) -DNCBI -I$(INCPATH)
  34. NLDFLAGS=-I$(INCPATH) -L$(LIBPATH)
  35. NLIBS=$(LIB1) $(LIB2) $(OTHERLIBS)
  36.  
  37.  
  38. all: build test
  39.  
  40. #build: $(SOURCES)
  41. #    @echo "Compiling readseq..."
  42. #    $(CC) $(CFLAGS) -o readseq readseq.c ureadseq.c
  43.  
  44. # if using NCBI, uncomment these lines in place of build: above
  45. build: $(SOURCES)
  46.     @echo "Compiling readseq with NCBI toolkit support...";
  47.     $(CC) -o readseq $(NLDFLAGS) $(NCFLAGS) readseq.c ureadseq.c ureadasn.c $(NLIBS)
  48.  
  49. test: $(SOURCES) readseq
  50.     @echo ""
  51.     @echo "Test for general read/write of all chars:"
  52.     ./readseq -p alphabet.std -otest.alpha
  53.     -diff test.alpha alphabet.std
  54.  
  55.     @echo ""
  56.     @echo "Test for valid format conversions:"
  57.     ./readseq -v -p -f=ig   nucleic.std -otest.ig
  58.     ./readseq -v -p -f=gb   test.ig     -otest.gb
  59.     ./readseq -v -p -f=nbrf test.gb     -otest.nbrf
  60.     ./readseq -v -p -f=embl test.nbrf   -otest.embl
  61.     ./readseq -v -p -f=gcg  test.embl   -otest.gcg
  62.     ./readseq -v -p -f=strider test.gcg -otest.strider
  63.     ./readseq -v -p -f=fitch test.strider -otest.fitch
  64.     ./readseq -v -p -f=fasta test.fitch -otest.fasta
  65.     ./readseq -v -p -f=pir  test.fasta  -otest.pir
  66.     ./readseq -v -p -f=ig   test.pir    -otest.ig-b
  67.     -diff test.ig test.ig-b
  68.  
  69.     @echo ""
  70.     @echo "Test for multiple-sequence format conversions:"
  71.     ./readseq -p -f=ig    multi.std   -otest.m-ig
  72.     ./readseq -p -f=gb    test.m-ig   -otest.m-gb
  73.     ./readseq -p -f=nbrf  test.m-gb   -otest.m-nbrf
  74.     ./readseq -p -f=embl  test.m-nbrf -otest.m-embl
  75.     ./readseq -p -f=fasta test.m-embl -otest.m-fasta
  76.     ./readseq -p -f=pir   test.m-fasta -otest.m-pir
  77.     ./readseq -p -f=msf   test.m-pir  -otest.m-msf
  78.     ./readseq -p -f=paup  test.m-msf  -otest.m-paup
  79.     ./readseq -p -f=ig    test.m-paup -otest.m-ig-b
  80.     -diff test.m-ig test.m-ig-b
  81. #
  82. # if using NCBI, uncomment these lines
  83.     @echo ""
  84.     @echo "Test of NCBI ASN.1 conversions:"
  85.     ./readseq -p -f=asn test.m-ig  -otest.m-asn
  86.     ./readseq -p -f=ig  test.m-asn -otest.m-ig-c
  87.     -diff test.m-ig test.m-ig-c
  88. #
  89.     @echo ""
  90.     @echo "Expect differences in the header lines due to"
  91.     @echo "different format headers.  If any sequence lines"
  92.     @echo "differ, or if the checksums differ, there is a problem."
  93.     @echo "----------------------"
  94.     @echo ""
  95.     @echo "To clean up test files, command me:"
  96.     @echo "    make clean"
  97.  
  98.  
  99. clean:
  100.     rm -f *.o core test.*
  101.  
  102. shar:
  103.     @echo "shell archiving files..."
  104.     -rm -f readseq*.shar
  105.     mkdir readseqd
  106.     cp $(SOURCES) readseqd
  107.     cp $(DOCS) readseqd
  108.     shar -v readseqd > readseq.shar
  109.     rm -rf readseqd
  110.  
  111.