home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Big Green CD 8 / BGCD_8_Dev.iso / NEXTSTEP / UNIX / Educational / R-0.49-MI / R-0.49-M / help / survival4 / survobrien < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1997-09-13  |  1.9 KB  |  53 lines

  1.     
  2.     _P_e_t_e_r _O'_B_r_i_e_n'_s _t_e_s_t _f_o_r _a_s_s_o_c_i_a_t_i_o_n _o_f _a _s_i_n_g_l_e _v_a_r_i_a_b_l_e
  3.     _w_i_t_h _s_u_r_v_i_v_a_l _T_h_i_s _t_e_s_t _i_s _p_r_o_p_o_s_e_d _i_n _B_i_o_m_e_t_r_i_c_s, _J_u_n_e
  4.     _1_9_7_8.
  5.     
  6.          survobrien(formula, data)
  7.     
  8.     _A_r_g_u_m_e_n_t_s:
  9.     
  10.           formula:
  11.          a valid formula for a cox model, without time dependent
  12.          covariates.
  13.     
  14.              data:
  15.          a data frame.
  16.     
  17.          Value:
  18.     
  19.          a new data frame.  The original time and status vari-
  20.          ables are removed, and have been replaced with start,
  21.          stop, and event.  If a predictor variable is a factor,
  22.          it is retained as is.  Other predictor variables have
  23.          been replaced with time-dependent logit scores.
  24.          Because of the time dependent variables, the new data
  25.          frame will have many more rows that the original data,
  26.          approximately #rows * #deaths /2.
  27.     
  28.          A time-dependent cox model can now be fit to the new
  29.          data.  The univariate statistic, as originally pro-
  30.          posed, is equivalent to single variable score tests
  31.          from the time-dependent model.  This equivalence is the
  32.          rationale for using the time dependent model as a mul-
  33.          tivariate extension of the original paper.  In
  34.          O'Brien's method, the x variables are re-ranked at each
  35.          death time.  A simpler method, proposed by Prentice,
  36.          ranks the data only once at the start. The results are
  37.          usually similar.
  38.     
  39.          References:
  40.     
  41.          O'Brien, Peter, "A Nonparametric Test for Association
  42.          with Censored Data", Biometrics 34: 243-250, 1978.
  43.     
  44.          survdiff
  45.     
  46.     _E_x_a_m_p_l_e_s:
  47.     
  48.          xx <- survobrien(Surv(time, status) ~ age + factor(rx) + ecog.ps,
  49.                             data=fleming)
  50.          coxph(Surv(start, stop, event) ~ age, data=xx)
  51.          coxph(Surv(start, stop, event) ~ age + rx + ecog.ps, data=xx)
  52.     
  53.