home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Big Green CD 8 / BGCD_8_Dev.iso / NEXTSTEP / UNIX / Educational / R-0.49-MI / R-0.49-I / help / survival4 / plot.survfit < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1997-09-13  |  2.5 KB  |  85 lines
  1.     
  2.     _P_l_o_t _m_e_t_h_o_d _f_o_r _s_u_r_v_f_i_t.
  3.     
  4.          plot.survfit(survfit, conf.int=<<see below>>, mark.time=T,
  5.           mark=3, col=1, lty=1, lwd=1, cex=1, log=F, yscale=1, xscale=1, xlab="",
  6.           ylab="", xaxs='i', ...)
  7.     
  8.     _A_r_g_u_m_e_n_t_s:
  9.     
  10.           survfit:
  11.          structure returned by survfit.
  12.     
  13.          conf.int:
  14.          determines whether confidence intervals will be plot-
  15.          ted.  The default is to do so if there is only 1 curve,
  16.          i.e., no strata.
  17.     
  18.         mark.time:
  19.          controls the labeling of the curves.  If set to False,
  20.          no labeling is done.  If True, then curves are marked
  21.          at each censoring time.  If mark.time is a numeric vec-
  22.          tor, then curves are marked at the specified time
  23.          points.
  24.     
  25.              mark:
  26.          vector of mark parameters, which will be used to label
  27.          the curves.  The lines help file contains examples of
  28.          the possible marks.  The vector is reused cyclically if
  29.          it is shorter than the number of curves.
  30.     
  31.               col:
  32.          vector of colors.  The default value is 1.
  33.     
  34.               lty:
  35.          vector of line types. The default value is 1.
  36.     
  37.               lwd:
  38.          vector of line widths. The default value is 1.
  39.     
  40.               cex:
  41.          parameter available to change the size of "mark".  Not
  42.          a vector; all marks have the same size.
  43.     
  44.               log:
  45.          logical value: should the y axis be on a log scale?
  46.     
  47.            yscale:
  48.          will be used to multiply the labels on the y axis.  A
  49.          value of 100, for instance, would be used to give a
  50.          percent scale.  Only the labels are changed, not the
  51.          actual plot coordinates, so that adding a curve with
  52.          "lines(surv.exp(...))", say, will perform as it did
  53.          without the yscale arg.
  54.     
  55.            xscale:
  56.          will be used in a similar manner for labels on the x
  57.          axis.  A value of 365.25 will give labels in years
  58.          instead of the original days.
  59.     
  60.              xlab:
  61.          label given to the x-axis.
  62.     
  63.              ylab:
  64.          label given to the y-axis.
  65.     
  66.              xaxs:
  67.          the x axis style, as listed in par.  The S default
  68.          option of "r" leads to curves that are "too far" from
  69.          the y axis.  This is, of course, just a matter of
  70.          esthetic opinion.
  71.     
  72.          Value:
  73.     
  74.          a list with components x and y, containing the coordi-
  75.          nates of the last point on each of the curves.  This
  76.          may be useful for labeling.
  77.     
  78.          A plot of survival curves is produced, one curve for
  79.          each strata.
  80.     
  81.     _E_x_a_m_p_l_e_s:
  82.     
  83.          plot.survfit(survfit(Surv(pgtime,pgstat) ~g2group),col=c(3,6),log=T)
  84.     
  85.