home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Big Green CD 8 / BGCD_8_Dev.iso / NEXTSTEP / UNIX / Educational / R-0.49-MI / R-0.49-I / help / survival4 / cox.zph < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1997-09-13  |  2.5 KB  |  77 lines
  1.     
  2.     _T_e_s_t _t_h_e _p_r_o_p_o_r_t_i_o_n_a_l _h_a_z_a_r_d_s _a_s_s_u_m_p_t_i_o_n _o_f _a _C_o_x _r_e_g_r_e_s_-
  3.     _s_i_o_n.
  4.     
  5.          cox.zph(fit, transform='km', global=T)
  6.     
  7.     _A_r_g_u_m_e_n_t_s:
  8.     
  9.               fit:
  10.          the result of fitting a Cox regression model, using the
  11.          coxph function.
  12.     
  13.         transform:
  14.          survival times transformed before the test is per-
  15.          formed.  Possible values are the character strings
  16.          'km', 'rank', 'identity', or a function of one argu-
  17.          ment.
  18.     
  19.            global:
  20.          should a global chisquare test be done, in additoin to
  21.          the
  22.           per-variable tests.
  23.     
  24.                 x:
  25.          if true, then the result will be a list containing the
  26.          test table (a matrix), x and y.  If false then only the
  27.          test table is returned.
  28.     
  29.          Value:
  30.     
  31.          an object of class cox.zph, with components:
  32.     
  33.     _A_r_g_u_m_e_n_t_s:
  34.     
  35.             table:
  36.          a matrix with one row for each variable, and optionally
  37.          a last row for the global test.  Columns of the matrix
  38.          contain the correlation coefficient between transformed
  39.          survival time and the scaled Schoenfeld residuals, a
  40.          chisquare, and the two-sided p value.  For the global
  41.          test there is no appropriate correlation, so an NA is
  42.          entered into the matrix as a placeholder.
  43.     
  44.                 x:
  45.          the transformed time axis.
  46.     
  47.                 y:
  48.          the matrix of scaled Schoenfeld residuals.  There will
  49.          be one column per variable and one row per event.  The
  50.          row labels contain the original event times (for the
  51.          identity transform, these will be the same as x).
  52.     
  53.              call:
  54.          the calling sequence for the routine.  The computations
  55.          require the original x matrix of the Cox model fit.
  56.          Thus it saves time if the x=T option is used in coxph.
  57.          This function would usually be followed by both a plot
  58.          and a print of the result.  The plot gives an estimate
  59.          of the time-dependent coefficient beta(t).  If the pro-
  60.          portional hazards assumption is true, beta(t) will be a
  61.          horizontal line.  The printout gives a test for
  62.          slope=0.
  63.     
  64.          References:
  65.     
  66.          P. Grambsch and T. Therneau (1994), Proportional
  67.          hazards tests and diagnostics based on weighted residu-
  68.          als.  Biometrika, vol 81, 515-26.
  69.     
  70.     _E_x_a_m_p_l_e_s:
  71.     
  72.          fit <- coxph( Surv(futime, fustat) ~ age + surgery, jasa, x=T)
  73.          temp<- cox.zph(fit)
  74.          print(temp)                  #display the results
  75.          plot(temp)                   #plot curves
  76.     
  77.