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/ NetNews Usenet Archive 1992 #20 / NN_1992_20.iso / spool / sci / math / stat / 1871 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1992-09-14  |  3.2 KB
  1. Path: sparky!uunet!mcsun!uknet!comlab.ox.ac.uk!oxuniv!oxpath!rhubner
  2. From: rhubner@vax.path.ox.ac.uk
  3. Newsgroups: sci.math.stat
  4. Subject: test for random association
  5. Message-ID: <1992Sep14.231604.1@vax.path.ox.ac.uk>
  6. Date: 14 Sep 92 22:16:04 GMT
  7. Organization: Oxford University Molecular Biology Data Centre
  8. Lines: 67
  9. Nntp-Posting-Host: oxpa01
  10. Nntp-Posting-User: rhubner
  11.  
  12. Hi everybody,
  13.  
  14.  I'm writing up a "D.Phil." in Zoology here at Oxford and I'm stuck with the
  15. following stat problem about chromosomes that join together. 
  16.  
  17. The background:
  18. 1) mice have usually 2n=40 (which means 20 pairs of chromosomes)
  19.    -> these chromosomes look [schematically] like this:
  20.  
  21.           *
  22.       a  / \
  23.  
  24. 2) some populations 'fuse' the chromosomes of two pairs 
  25.    -> looks like this and is written as Rb(a.b) 
  26.  
  27.      a   \ /          Rb = Robertsonian fusion or centric translocation
  28.           %           % = **, but now they segregate as one chromosome
  29.      b   / \
  30.  
  31. 3) a maximum of 9 fusions (2n=22) is known from some populations
  32.   (leaving one pair and the sex chromosomes unfused)
  33.   
  34.     ex: Rb(a.b), (c.d), (e.f), (g.h), (i.j), (k.l), (m.n), (o.p), (q.r)
  35.         with s,t, X,Y unfused
  36.  
  37. 4) the same chromosome combination can be found in mice with 1 fusion (2n=38)
  38.    or mice with more fusions (2n=36-22)
  39.  
  40.      ex: 2n=34; Rb(a.b), (c.d), (e.f) 
  41.          2n=26; Rb(a.s), (c.t), (e.f), (g.h), (i.j), (k.l), (m.n)
  42.                                 ^^^^^
  43. 5) fusions are not independent, because they are sampled without replacement 
  44.    from the initial pool (N) of 20 different chromosomes; this reduces the 
  45.    number of free partners after each subsequent fusion
  46.     -> the number of different combinations [written C(N,k)] for a chromosome 
  47.        set with a given number of fusions (k) is thus
  48.  
  49.                           N!
  50.          C(N,k) =  ------------------          k=1,2,...9
  51.                    2^k * k! * (N-2k)!
  52.  
  53. The question: How to test for random association given that the probability of
  54. a fusion in a certain context should be quite different? (Some people think
  55. that I should just take  1/C(N,2) as the expected value, but I believe they are
  56. wrong). Furthermore, because I may not be absolutely sure about the sequence of
  57. fusions in a particular population, is there any other way to test for random
  58. association here? Does somebody know about analogue systems (lottery?) and
  59. point out where the solution may have been published? Or is this a totally 
  60. uncommon and 'desperate' situation?
  61.  
  62. Thanks for any hint!
  63.      Roland                                             [rhubner@ox.path.ac.uk]
  64.  
  65.  
  66.               ....        .... 
  67.              '    )._._._(    `^^^^^^^^^^^^^^^`.
  68.             (    (        )    )               .\
  69.              \.   \ 0  0 /   ./         .      )\\
  70.                `._/\    /\_.'    )     (      /  \\
  71.                   ==&__&==  `_| / _._._.(   _/    \\
  72.                      ""     /__|      /_._./       `*****
  73.                                                     
  74.             ***********************************************
  75.             * Roland Huebner, Dept. Zoology, Univ. Oxford *
  76.             * South Parks Road, OX1 3PS, Oxford, England  *
  77.             ***********************************************
  78.                         
  79.