home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / rec / equestri / 6941 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1993-01-22  |  8.6 KB  |  180 lines
  1. Newsgroups: rec.equestrian
  2. Path: sparky!uunet!usc!sdd.hp.com!ux1.cso.uiuc.edu!news.iastate.edu!skunz
  3. From: A1.MHH@isumvs.iastate.edu (Mary Healey)
  4. Subject: Re:Horse color genetics - LONG
  5. Message-ID: <C19I93.Gv4@news.iastate.edu>
  6. Sender: skunz@news.iastate.edu (USENET News System)
  7. Organization: Iowa State University, Ames IA
  8. Date: Fri, 22 Jan 1993 15:41:24 GMT
  9. Lines: 169
  10.  
  11.  
  12. Re: Horse color genetics program
  13.  
  14. Sue Bishop writes:
  15. >  Not that hard if you use the 'square' method.  Just make a big
  16. >  square, list possible variations of the mare vertically, possible
  17. >  variations of the sire horizontally.  Works great, takes a few
  18. >  minutes and the margin of error is small.
  19. >
  20. >                Bay stallion x Grey mare
  21. >
  22. >  Stallion out of bay mare and chestnut stallion, so genotype is almost
  23. >  certainly Bc.
  24. >  Grey mare out of chestnut mare and grey stallion, known to have
  25. >  produced greys, chestnuts and bay, depending on what she is bred to.
  26. >  Genotype almost certainly Ggcc
  27. >
  28. >       Stallion              Bc          bc
  29. >                       _________________________
  30. >           M      Gc  |     GBcc    |   Gbcc    |
  31. >           a           _________________________
  32. >           r      gc  |     gBcc    |   gbcc    |
  33. >           e           _________________________
  34. >
  35. >  I think that's right, with this combination you get 50% grey, 25%
  36. >  bay, 25% chestnut.
  37. >
  38. >  Tracy, do I have it right?
  39. >
  40. >  Sue
  41.  
  42. Sue -
  43.      I'm not Tracy, but you don't have it right.  Deep breath.
  44. Here we go, plunging into the genetics jungle.  BRIEFLY, color in
  45. horses is controlled by several loci (DNA on different parts of a
  46. chromosome).  Most of these loci have several alleles
  47. (possibilities).  The loci seem to be common to many domestic
  48. animals (dogs and horses, for example, are considered to have
  49. similar loci, but few of the same alleles).  The list (off the
  50. top of my head, so it may be wrong/incomplete) is:
  51.  
  52. A ... agouti series.  This determines the extent of dark pigment on
  53.       an animal's body.  There are three alleles (in order of
  54.       dominance)
  55.               A - "bay" pattern.  Dark pigment restricted to
  56.                    mane, tail, legs.
  57.               at- (that should be a superscript t) Dark pigment over
  58.                    most of body (except muzzle, flanks).  Is
  59.                    considered necessary in seal brown horses.
  60.               a - Dark pigment extends over the whole body.
  61.       A is dominant to at and a.  Or incompletely dominant to at,
  62.       and dominant to a, depending on which reference you use.
  63.  
  64. B ... Black/brown.  This determines the color of the dark pigment.
  65.               B - black
  66.               b - brown
  67.       B is dominant to b.  So a horse with black pigment is at least
  68.       B-, but a brown horse is always bb.
  69.  
  70. C ... The albino series.  There are no true equine albinos, so all
  71.       horses are assumed CC (or cc, I can't remember).
  72.  
  73. D ... Dilution series.  This acts on all pigments, to lighten red to
  74.       yellow, and reduce black.
  75.               D - "normal" - fully colored
  76.               d - dilute - palominos, duns, buckskins, perlinos,
  77.                   cremellos
  78.       The dilution series is additive.  That is DD, Dd and dd all
  79.       produce different phenotypes (colors).  DD is fully colored,
  80.       Dd is partly dilute (palomino, dun, buckskin), and dd is very
  81.       dilute (perlino, cremello, some "white" horses)
  82.  
  83. E ... extension series.  Controls the production of dark pigment
  84.       (regardless of color or pattern).
  85.               E - "normal".  Extends dark pigment over body.
  86.               e - restricts dark pigment to eye.
  87.       E is completely dominant to e.  So a bay horse may be EE or
  88.       Ee, but a chestnut is always ee.
  89.  
  90. G ... grey series.  G (grey) is dominant to g (non-grey)
  91.  
  92. R ... roaning.  RR is lethal, Rr is roan, rr is non-roan.
  93.  
  94. T ... tobiano.  T- is patterned, tt is solid colored.
  95.  
  96. O ... overo.  O- is solid colored, oo is patterned.
  97.  
  98. Appaloosa, if I remember rightly, is a single locus, multiple allele
  99. (as in 4 or 5 or more) case, modified by other genes at other loci.
  100.  
  101. Now, back to the example.   A bay stallion (A-B-DDE-ggrrttO-) is
  102. mated to a grey mare (--------G-------).  If these are from
  103. traditionally solid-colored, non-roan stock, then we're working with
  104. an A-B-DDE-gg stallion and a --------G- mare, and we can drop the
  105. R, T, and O series, since all animals will be rrttOO.  Grey masks
  106. everything, so unless you know her original color, the one dominant G
  107. allele is all we can state for sure.
  108.    The stallion is by a chestnut sire and a bay dam, so we can fill
  109. in his E series, A-B-DDEegg.  The mare is out of a chestnut dam
  110. (----DDeegg) by a grey stallion(--------G-), so she is ----DD-eGg.
  111. I'm assuming the phrase "known to have produced greys, chestnuts
  112. and bays, depending on what she is bred to" is referring to the
  113. grey mare, and not to her dam.  We already know she is out of a
  114. non-grey dam, so this information doesn't help, unless she produced
  115. a bay foal by a black (aaB-) or brown(aabb) stallion.
  116.    Still with me?  I know this is long, but it's not a simple topic.
  117. IF both stallion and mare are heterozygous (have different alleles)
  118. at every locus where one is unknown except D - the grey stallion
  119. could be Dd, but lets not get carried away.  So, the bay stallion
  120. may be AaBbDDEegg, the grey mare may be AaBbDDEeGg or, dropping the
  121. homozygous (same alleles) at D, the stallion is AaBbEegg, and the
  122. mare is AaBbEeGg.  Since at is relatively rare, and because this
  123. is getting pretty windy, we'll assume Aa instead of Aat.  This
  124. will give the following possible combinations:
  125.  
  126.     Stallion:
  127.          ABEg     ABeg     AbEg     Abeg     aBEg     aBeg     abEg     abeg
  128.   ABEG AABBEEGg AABBEeGg AABbEEGg AABbEeGg AaBBEEGg AaBBEeGg AaBbEEGg AaBbEeGg
  129.          grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey
  130.   ABEg AABBEEgg AABBEegg AABbEEgg AABbEegg AaBBEEgg AaBBEegg AaBbEEgg AaBbEegg
  131.           bay      bay      bay      bay      bay      bay      bay      bay
  132.   ABeG AABBEeGg AABBeeGg AABbEeGg AABbeeGg AaBBEeGg AaBBeeGg AaBbEeGg AaBbeeGg
  133.          grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey
  134.   ABeg AABBEegg AABBeegg AABbEegg AABbeegg AaBBEegg AaBBeegg AaBbEegg AaBbeegg
  135.           bay     chest     bay     chest     bay     chest     bay     chest
  136.   AbEG AABbEEGg AABbEeGg AAbbEEGg AAbbEeGg AaBbEEGg AaBbEeGg AabbEEGg AabbEeGg
  137. M        grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey
  138. a AbEg AABbEEgg AABbEegg AAbbEEgg AAbbEegg AaBbEEgg AaBbEegg AabbEEgg AabbEegg
  139. r         bay     chest   ch/bay*  ch/bay*    bay      bay    ch/bay*  ch/bay*
  140. e AbeG AABbEeGg AABbeeGg AAbbEeGg AAbbeeGg AaBbEeGg AaBbeeGg AabbEeGg AabbeeGg
  141.          grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey
  142.   Abeg AABbEegg AABbeegg AAbbEegg AAbbeegg AaBbEegg AaBbeegg AabbEegg Aabbeegg
  143.           bay     chest   ch/bay*   chest     bay     chest   ch/bay*   chest
  144.   aBEG AaBBEEGg AaBBEeGg AaBbEEGg AaBbEeGg aaBBEEGg aaBBEeGg aaBbEEGg aaBbEeGg
  145.          grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey
  146.   aBEg AaBBEEgg AaBBEegg AaBbEEgg AaBbEegg aaBBEEgg aaBBEegg aaBbEEgg aaBbEegg
  147.           bay      bay      bay      bay     black    black    black    black
  148.   aBeG AaBBEeGg AaBBeeGg AaBbEeGg AaBbeeGg aaBBEeGg aaBBeeGg aaBbEeGg aaBbeeGg
  149.          grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey
  150.   aBeg AaBBEegg AaBBeegg AaBbEegg AaBbeegg aaBBEegg aaBBeegg aaBbEegg aaBbeegg
  151.           bay     chest     bay     chest    black    black    black    chest
  152.   abEG AaBbEEGg AaBbEeGg AabbEEGg AabbEeGg aaBbEEGg aaBbEeGg aabbEEGg aabbEeGg
  153.          grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey
  154.   abEg AaBbEEgg AaBbEegg AabbEEgg AabbEegg aaBbEEgg aaBbEegg aabbEEgg aabbEegg
  155.           bay      bay    ch/bay*  ch/bay*   black    black    brown    brown
  156.   abeG AaBbEeGg AaBbeeGg AabbEeGg AabbeeGg aaBbEeGg aaBbeeGg aabbEeGg aabbeeGg
  157.          grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey     grey
  158.   abeg AaBbEegg AaBbeegg AabbEegg Aabbeegg aaBbEegg aaBbeegg aabbEegg aabbeegg
  159.           bay     chest   ch/bay*   chest    black    black    brown    chest
  160. -----------------
  161. *ch/bay are animals with the "bay" pattern, but brown instead of
  162.  black pigment
  163.  
  164. The totals are:  grey   64 (50.0%)
  165.                  bay    26 (20.3%)
  166.                  chest  15 (11.7%)
  167.                  black  11 ( 8.6%)
  168.                  ch/bay  9 ( 7.0%)
  169.                  brown   3 ( 2.3%)
  170.  
  171. This is, of course, a worst-case/most possibilities scenario.  But
  172. you can begin to see why a computer program to calculate the
  173. possibilities would be very difficult to write.
  174.  
  175. Mary H.
  176. Animal Breeding Section
  177. Dept. Animal Science
  178. Iowa State University
  179. (BTW I work with cow and pig records, seldom horses)
  180.