home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / bit / listserv / statl / 2476 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1993-01-29  |  2.2 KB  |  55 lines
  1. Comments: Gated by NETNEWS@AUVM.AMERICAN.EDU
  2. Path: sparky!uunet!europa.eng.gtefsd.com!paladin.american.edu!auvm!LAN.LINCOLN.CRI.NZ!BAIRDD
  3. X-Vers: WPMail to SMTP gateway - QVS vers 1.0.9f - 1000
  4. Message-ID: <9301290230.AA03416@crop.lincoln.cri.nz>
  5. Newsgroups: bit.listserv.stat-l
  6. Date:         Fri, 29 Jan 1993 15:35:21 NZST
  7. Sender:       STATISTICAL CONSULTING <STAT-L@MCGILL1.BITNET>
  8. From:         David Baird <BAIRDD%LCNCRI-2@LAN.LINCOLN.CRI.NZ>
  9. Subject:      Nei's Genetic Similarity Index
  10. Lines: 43
  11.  
  12. I have a client who has presence / absence data for DNA fragments
  13. from 5 individuals for each of 10 different geographic
  14. populations of a species of insect. The DNA fragments show as
  15. bands on a gel. There are a variable number of bands per
  16. population. The data looks like this:
  17.  
  18.                                Band
  19. Population  Individual   1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
  20.          1           1   0 1 1 0 1 0 0 0 0
  21.                      2   1 1 0 1 1 0 0 0 0
  22.                      3   1 1 0 0 1 0 0 0 0
  23.                      4   1 1 1 1 1 0 0 0 0
  24.                      5   0 0 1 0 1 0 0 0 0
  25.  
  26.          2           1   0 0 1 0 1 1 1 0 1
  27.                      2   0 0 1 1 0 1 1 1 0
  28.                      3   0 0 1 0 0 1 0 0 0
  29.                      4   0 0 1 1 0 1 1 0 1
  30.                      5   0 0 1 1 0 1 1 1 1
  31. etc.
  32. Let x    = 1 if the band k is present in population j, individual
  33.      ijk     i, and 0 otherwise.
  34.  
  35. She wants to calculate a similarity matrix betweem populations
  36. which reflects the number of shared bands between individuals.
  37. She has a paper by Nei and Li, "Mathematical model for studying
  38. genetic variation in terms of restriction endonucleases." Proc
  39. National Acad Sciences USA (1979) which defines a general
  40. similarity coefficient between populations in a theoretical
  41. manner without giving any computational formulae.
  42.  
  43. Could someone who has used this approach, or any other define the
  44. computational formulae in terms of my data, x    , above?
  45.                                              ijk
  46.  
  47. Thanks for your help.
  48.  
  49. David Baird    Biometrician
  50.  
  51. Mail address:  AgResearch, PO Box 60, Lincoln, New Zealand
  52. Internet:      BairdD@LAN.Lincoln.CRI.NZ
  53. Phone:         +64 3 325 3011
  54. Fax:           +64 3 325 2946
  55.