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/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / bit / listserv / infogcg / 350 < prev    next >
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Text File  |  1993-01-28  |  1.8 KB  |  40 lines
  1. Comments: Gated by NETNEWS@AUVM.AMERICAN.EDU
  2. Path: sparky!uunet!uvaarpa!darwin.sura.net!zaphod.mps.ohio-state.edu!howland.reston.ans.net!paladin.american.edu!auvm!SALK-SC2.SDSC.EDU!MANGALAM
  3. X-Delivery-Notice:  SMTP MAIL FROM does not correspond to sender.
  4. Message-ID: <9301262141.AA06620@salk-sgi.sdsc.edu>
  5. Newsgroups: bit.listserv.info-gcg
  6. Date:         Tue, 26 Jan 1993 13:41:28 -0800
  7. Reply-To:     Harry Mangalam <mangalam@SALK-SC2.SDSC.EDU>
  8. Sender:       "INFO-GCG: GCG Genetics Software Discussion"
  9.               <INFO-GCG@UTORONTO.BITNET>
  10. From:         Harry Mangalam <mangalam@SALK-SC2.SDSC.EDU>
  11. Subject:      Re: Prokaryotic TFD?
  12. Comments: To: GAGUTMAN@UCI.EDU, INFO-GCG@UTORONTO.BITNET
  13. Lines: 25
  14.  
  15. >Is there a prokaryotic equivalent of the Transcription Factor Database,
  16. >to identify potential protein-binding motifs in E. coli DNA
  17. >in particular?
  18.  
  19.  
  20. Hi George,
  21.  
  22. Just happened to checking the list and saw your post.  In fact, the TFD
  23. includes prokaryotic motifs, as well as the euk ones.  The latest version
  24. can be got at ncbi.nlm.nih.gov in /pub/repository/tfd (or ..TFD ?).  It may
  25. not be as detailed as you want, but it's free and it's easily available.
  26.    You might also want to check out Doug Prestridge's program Signalscan to
  27. use as a way of searching your DNA for the motifs.  I'm not sure the GCG
  28. programs can perform a similar function (corrections, please?), but you
  29. could probably build a little script that could take a sequence, do a
  30. "findpatterns" with it, then go to the next.
  31.  
  32. Cheers
  33. Harry
  34.  
  35. Harry Mangalam                                   Vox:(619) 453-4100, x250
  36. Dept of Biocomputing                                   Fax:(619) 552-1546
  37. The Salk Institute                        1'   mangalam@salk-sc2.sdsc.edu
  38. 10010 N Torrey Pines Rd                   2'        hjm@salk-sgi.sdsc.edu
  39. La Jolla CA 92037                         3'         mangalam@salk.bitnet
  40.