home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / bionet / molbio / embldata / 75 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-28  |  1.5 KB
  1. Path: sparky!uunet!biosci!agate!spool.mu.edu!darwin.sura.net!fconvx.ncifcrf.gov!fcs260c2!toms
  2. From: toms@fcs260c2.ncifcrf.gov (Tom Schneider)
  3. Newsgroups: bionet.molbio.embldatabank
  4. Subject: Re: promotor and database-search?
  5. Message-ID: <C1JI6M.IEo@ncifcrf.gov>
  6. Date: 28 Jan 93 01:15:57 GMT
  7. References: <1993Jan27.182937.12863@gserv1.dl.ac.uk>
  8. Sender: usenet@ncifcrf.gov (C News)
  9. Distribution: bionet
  10. Organization: Frederick Cancer Research and Development Center
  11. Lines: 31
  12. Nntp-Posting-Host: fcs260c2.ncifcrf.gov
  13.  
  14. In article <1993Jan27.182937.12863@gserv1.dl.ac.uk>
  15. Bianca (HABERMANN@AIMP.UNA.AC.AT) writes:
  16.  
  17. | Suppose you had promotor sequences of several - functionally related - genes
  18. | with a conserved sequence motif in common,
  19.  
  20. Two sequence recognizers can have identical consensus sequences, and yet
  21. recognize different patterns.  Therefore you should not use consensus
  22. sequences.  Instead, make sequence logos of the sequences you have at hand and
  23. compare them to the sequence logos of other sites.  The results will be highly
  24. sensitive and mathematically much more sensible.
  25.  
  26. See:
  27.  
  28. @article{Stephens.Schneider.Splice,
  29. author = "R. M. Stephens
  30.   and T. D. Schneider",
  31. title = "Features of spliceosome evolution and function
  32. inferred from an analysis of the information at human splice sites",
  33. journal = "J. Mol. Biol.",
  34. volume = "228",
  35. pages = "1124-1136",
  36. year = "1992"}
  37.  
  38. Regards,
  39.  
  40.   Tom Schneider
  41.   National Cancer Institute
  42.   Laboratory of Mathematical Biology
  43.   Frederick, Maryland  21702-1201
  44.   toms@ncifcrf.gov
  45.