home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #1 / NN_1993_1.iso / spool / bionet / software / 2416 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-11  |  1.4 KB
  1. Path: sparky!uunet!stanford.edu!hsdndev!husc-news.harvard.edu!husc.harvard.edu!robison1
  2. From: robison1@husc10.harvard.edu (Keith Robison)
  3. Newsgroups: bionet.software
  4. Subject: Re: Wanted: C++ Libraries for Biological Sequences
  5. Message-ID: <robison1.726766130@husc.harvard.edu>
  6. Date: 11 Jan 93 15:28:50 GMT
  7. References: <1993Jan9.141356.29179@infodev.cam.ac.uk>
  8. Lines: 30
  9. Nntp-Posting-Host: husc10.harvard.edu
  10.  
  11. My own set of C++ libraries is undergoing a rewrite to improve
  12. their design and reliability.  I will post a message to this
  13. newsgroup when that rewrite is done identifying an ftp source.
  14.  
  15. These libraries provide basic functions for manipulating and 
  16. analyzing nucleic acid and DNA sequences, as well as simple
  17. GenBank parsing capabilities and an interface to the
  18. device-independent graphics package contained within
  19. the GCG sequence analysis package.  Also included are
  20. a set of sample programs which demonstrate using the libraries
  21. to:
  22.  
  23.     translate DNA/RNA into protein
  24.     extract all open reading frames from a DNA/RNA sequence
  25.     perform simple parsing of GenBank flat-files
  26.     perform simple parsing of BLAST output
  27.     look for oligonucleotide repeat regions in DNA
  28.     look for protein regions likely to form coiled-coils
  29.     generate GCG-compatible codon usage tables from sets of sequences
  30.     search for restriction sites in DNA
  31.  
  32.  
  33.  
  34.  
  35. Keith Robison
  36. Harvard University
  37. Department of Cellular & Developmental Biology
  38. Department of Genetics / HHMI
  39.  
  40. robison@biosun.harvard.edu 
  41.