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/ NetNews Usenet Archive 1993 #1 / NN_1993_1.iso / spool / bionet / software / 2406 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1993-01-08  |  3.5 KB  |  74 lines
  1. Newsgroups: bionet.software
  2. Path: sparky!uunet!haven.umd.edu!darwin.sura.net!welchgate.welch.jhu.edu!danj
  3. From: danj@welchgate.welch.jhu.edu (Dan Jacobson)
  4. Subject: Re: Has anyone had any experience with DNA Parrot on the Mac?
  5. Message-ID: <1993Jan8.231250.19692@welchgate.welch.jhu.edu>
  6. Organization: Johns Hopkins Univ. Welch Medical Library
  7. References: <1993Jan8.215019.4169@Princeton.EDU>
  8. Date: Fri, 8 Jan 1993 23:12:50 GMT
  9. Lines: 63
  10.  
  11. In article <1993Jan8.215019.4169@Princeton.EDU> yuan@phoenix.Princeton.EDU (Jeffrey Yuan) writes:
  12. >As the subject header states, I am interested in finding out about
  13. >DNA Parrot for the Macintosh.  Apparently, this product is a 
  14. >digitizer, but its mode of operation is different than the sonic
  15. >digitizers.  Has anyone had any experiences with this.  I will
  16. >post any comments that I receive back onto the net.  
  17. >
  18.  
  19.  
  20. A similar question was asked last spring - Harry Mangalam gave a
  21. very nice response which I have retrieved and included below.
  22.  
  23. Best of luck,
  24.  
  25. Dan Jacobson
  26.  
  27. danj@welchgate.welch.jhu.edu
  28.  
  29.  
  30. ===========================================================================
  31.  
  32.  
  33. Regarding:
  34. >> Fellow netters, I'm trying to track down the name of a company
  35. >> which manufactures a device called a "DNA parrot". This is simply
  36. >> a five-button mouse and software to enter DNA sequences from an
  37. >> autoradiogram. Unfortunately, I can't seem to unearth the ad.
  38.  
  39.    One source for this device is the gel rig maker CBS Scientific of Del Mar,
  40. CA (619 755 4959). It's a ~4 inch slab of transparent plexi with 5 buttons in
  41. it, one for each base (combinations of the buttons can also enter
  42. ambiguities) and a 'delete' if you make a mistake).  It also speaks the bases
  43. as you type. It comes in both PC and Mac versions, each costing $995 for th
  44. e
  45. 'mouse', the serial interface and 3 inserts which match the lane widths of
  46. your gel.
  47.    I've used the Mac version and while it sounds like a great idea (and in
  48. fact _some_ people swear by it), it's a little cumbersome and unless you are
  49. in a perfect position (standing over it, directly in front, gel at waist
  50. level), it's a great way to develop carpal tunnel syndrome.  On the other
  51. hand, those that have used it for some time really do swear by it.  It is
  52. very easy to set up and use and the interface is incredibly simple.  Beyond
  53. entering sequence, though, there are no tools for sequence analysis.
  54.    After trying a great number of these reader things (sonic digitizers,
  55. mice, electromagnetic digitizers, even video digitizers, the cheapest and
  56. easiest method for me has been to use a vertical light box and a keyboard
  57. remapper (like Quickeys or AutoMac) and use the Mac keyboard, remapped
  58.  to my
  59. liking to enter sequence in to the PD program Speakquencer for validation and
  60. readback, then cut and paste t.
  61. he sequence to Strider for analysis.  If I need
  62. more work on it, I'll (reluctantly) punt it to our VAX to macerate it with
  63. GCG.
  64.    Std Disclaimer - No ties to CBS except as a customer and while this hasn't
  65. been a great plug for this bit of technology, they do make great gel rigs.
  66.  
  67. Harry Mangalam                                       Vox:(619) 453-4100, x250
  68. Biocomputing                                               Fax:(619) 552-1546
  69. Salk Institute                                     mangalam@salk-sc2.sdsc.edu
  70. Box 85800                                          mangalam@salk-sgi.sdsc.edu
  71. San Diego, CA, 92186-5800                                mangalam@salk.bitnet
  72.  
  73. ==============================================================================
  74.