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/ NetNews Usenet Archive 1993 #1 / NN_1993_1.iso / spool / bionet / software / 2382 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-07  |  2.1 KB
  1. Path: sparky!uunet!mcsun!uknet!daresbury!news
  2. From: PARSONS_A@snd01.pcr.co.uk
  3. Newsgroups: bionet.software
  4. Subject: Synchronisation Problem in GCG with PIR : Solution & description
  5. Message-ID: <1993Jan7.105853.21680@gserv1.dl.ac.uk>
  6. Date: 7 Jan 93 10:58:17 GMT
  7. Sender: list-admin@daresbury.ac.uk
  8. Distribution: bionet
  9. Lines: 41
  10. Original-To: BIO-SOFT <BIO-SOFT@UK.AC.DARESBURY>
  11.  
  12. Hi Netfolk,
  13.  
  14. David Mathog (Caltech) mailed me to post to the net what the solution to my
  15. problem was, as had thanked all those who had helped me.  Reinhard Doelz
  16. (Basel) and Liz Cowe (Oxford) both gave me the answer to fix the problem but Liz
  17. also provided an in depth analysis of the cause - with her agreement I am
  18. posting her analysis and am also alerting MIPS who provided the copy of PIR
  19. in question.
  20.  
  21. Viva la (le?) Net!
  22.  
  23. Tony p.
  24.  
  25.  
  26. ==============================================================================
  27. To: parsons_a@uk.co.pcr.snd01
  28. Message-ID: <009662A5.93B2E8A0.15248@vax.path.ox.ac.uk>
  29. Subject: GCG syncoronization problem
  30.  
  31. Tony,
  32.  
  33.     I have also seen this problem with the PIR files that I get from MIPS
  34. - is this where yours come from too ? The problem seems to be that an extra
  35. character is added to the end of some sequence lines - this can't be seen (or
  36. may appear as an odd control character) and the PIR programs all cope with it
  37. fine. The GCG FASTA program decides the sequence and index don't match and so
  38. stop - if you fetch the sequence that is dying (find this by runing fasta with
  39. /monitor=1) then you will see an extra residue added at random to the end of
  40. the sequence - well I did. But some GCG programs can skip this character so my
  41. solution was to recreate the GCG index files - I first used Chopup so I could 
  42. get short enough lines to check there were no funnies but actually thing this 
  43. step isn't necessary and you can just use dataset and dbindex. 
  44.  
  45.     I tried getting help from GCG and PIR but both suggested that the 
  46. funny character was being included by MIPS when they make the GCG index so i 
  47. should contact them. By this time I'd done all the reformating so didn't 
  48. bother!
  49.  
  50. Liz Cowe
  51. Oxford University Molecular Biology Data Centre
  52. liz@vax.path.ox.ac.uk
  53.